1927年4月22日，鄧文儀走頓時任，這是他平生首要處置百姓黨政治事情的開端。5月5日，在黃埔軍校第五期第四次政治事情擴大集會上，鄧文儀代表政治部向集會提出：完整調查和斷根CP（即共產黨）、CY（即共青團），由政治部與政治教官在思惟上、談吐上考查鑒彆全部官長、學員、兵士、職工。5月18日，他主持召開了軍校清黨檢查委員會第一次集會，並作了陳述。他在陳述中說：“本會是按照本校黨部聯席集會及政治事情擴大集會的決定案而建立的。它的任務，是要完整清除本校叛黨分子，貫徹清黨活動。清黨是本校級各同道之本分。是以，本會各委員，應當實在地負叛逆務去做，決不成存涓滴張望不前之態度。”在此次集會上，鄧文儀被推舉為該會7人常務委員會之首，賣力措置平常事件。不久，在他的主持下，該會製定了揭露及檢查實施細則，規定對共產黨人及其他懷疑分子嚴懲不貸。一時，黃埔軍校處於紅色可駭當中，反動分子四周活動，共產黨員、共青團員和進步師生遭到了殘暴彈壓和毒害。

早已跑到成都的蔣介石，得知這一動靜非常歡暢，獎飾鄧文儀等人乾得好，而鄧文儀也以此在台灣百姓黨政壇上又混了幾年。

“門生為達目標，甘心受懲罰。”鄧文儀也顧不了那麼多了，乾脆立正答覆。但出乎他的料想，蔣介石聽後竟哈哈大笑，走到鄧文儀麵前說：“念你肄業心切，意誌果斷，你能夠作為中心特選的門生去蘇俄學習，但願你能不負希冀。”鄧文儀的確不信賴本身的耳朵了，他破涕為笑，雙腳一併大聲說道：“門生必然不負校耐久望！”

與此同時，鄧文儀還和賀衷寒等一起，收編了在南京賦閒的中心各軍校畢業生，建媾和構造了300人的“討逆赴難團”。該團的標語是：“武裝起來，開赴潼關，直指西安，與張、楊決一死戰，救出校長。”但是，合法他們亂鬨哄的要出征的時候，傳來西安事情戰役處理的動靜，鄧、賀聞訊，頓時泄氣，所謂的“討逆赴難團”也作鳥獸散了。

鄧文儀投入蔣介石的度量以後，便同賀衷寒等向蔣介石提出了反共的主張，並主動參與了反共政治活動。“四一二”政變後，蔣介石委任他為黃埔軍校政治部主任，讓他主持軍校的“清黨”和政治事情。

同年夏，胡宗南打擊延安，鄧文儀乘機飛到西安，構造了“陝北事情團”，以王超凡為團長，黎宗銘為副團長，並將從南京政工局帶來的一批人交給黎宗銘帶往延安，處置反動反動活動，鄧文儀還用畫冊“巨大的蔣介石委員長”及法幣50萬元打通地主張永泰，讓其在大會上誣篾共產黨“壓迫剝削群眾”。又逼迫一參政員誣篾共產黨不民主，並號令劉培初構造保甲，以達到反共的目標。

群眾束縛軍百萬雄師度太長江後，以摧枯拉朽之勢，很快束縛了南京、上海、武漢、長沙等多數會。10月上旬，兵臨廣州城下。當時，鄧文儀已逃到了廣州，在閻錫山拚集的所謂“戰時內閣”中任政工局局長，批示百姓黨間諜持續停止各種粉碎活動。在一次軍警間諜頭子集會上，他曾揚言：“統統懷疑分子應敏捷拘繫，統統政治犯應敏捷處決。”在他的指導下，反動軍警在廣州大搞紅色可駭，僅中山大學一次就有156人被捕。