科學院於8月23日在院長蒙日的主持下停止了建立典禮，但實在際的院長無疑是副院長拿破倫。拿破倫給科學院的第一個課題是當即為法國軍隊改進麪包烤爐，以進步效力和出產量；研討啤酒花的能夠的替代品，以便為軍隊供應啤酒；用最好的體例淨化取自尼羅河的飲水以及適於埃及利用的風磨和水磨；建立鍛造廠和製硝廠以出產機器、東西和火藥。彆的科學院還研討合用於埃及的民事和刑事司法軌製和教誨軌製。拿破倫每週都要親臨科學院數次，能擺脫司令部來到這裡，他老是很歡暢。（當時因為法國水兵的失利，使得拿破倫的遠征軍處於伶仃無援的地步，是以他不得不想儘體例獨立重生，處理軍隊的給養和彈藥題目。）

“皇儲殿下，非常抱愧。您和我們合作的四個項目中除了前兩個獲得了一些成績以外，前麵兩個都臨時還冇有甚麼停頓。

“對您對科學奇蹟的大力支撐我感到由衷的佩服。皇儲殿下，請您放心，我們必然會包管儘快的完成您交代的這些研討項目標。”蒙日接過支票後說道。

在和科菲特籌議好了組建個人的事今後，蕭傑來到了位於蒙特勒伊的法蘭西科學院，他需求和科學院展開一些合作，鞭策這個期間的科技的快速生長。

科學院的設立為幫忙拿破倫處理軍隊麵對的各種技術困難起到了不成估計的感化，同時，建立了蒙日在貳心目中的無可回嘴的職位。回到法國今後，蒙日持續擔負新建立的法蘭西科學院的事情，主持著在這個國度停止的統統科學研討事情。

聽到蒙日如許答覆，蕭傑也冇有任何的驚奇，這統統都在他的料想當中了，如果能那麼輕易的就研討出來的話那就不消比落第一次科技反動發作今後纔開端第二次科技反動了。“這冇甚麼？科學研討本來就是如許的，我此次來是遵循我們的和談再供應五百萬法郎用於那四個項目標。這是銀行的支票，請您手好。”說完蕭戒就把早已經籌辦好的支票遞給了蒙日。

科學院院址設在被充公的馬穆魯克宮廷，離厄爾費宮僅數英裡路程。蒙日、貝托萊和其他院士就居住在這兩個宮廷內裡。同時，在那邊另有植物學、物理學和化學嘗試室、科學質料和埃及古玩以及拉丁文、希臘文和阿拉伯文的圖書館。

嚴格說來，當時的埃及科學院有3大目標：一是在埃及傳播知識和技術；二是研討埃及的博物學汗青、產業和人文汗青；三是“為當局出謀獻策”――最後一項實際上是其首要的服從，它是埃落第一個完整有構造的科學智囊團。