蒲月初八日清軍在慶都城東追上大順軍，大順軍被清軍擊敗，接著清軍又在真定再次得勝，大順軍丟棄甲仗無數，擁積道旁，清軍、吳三桂軍搬不堪搬，移不堪移，實在發了一回大財，吳三桂也在亂軍當中獲得了陳圓圓，這兩人終究破鏡重圓，而大順軍在畿輔已冇法安身，經井陘退入山西，留下大將馬重禧這一支精兵扼守固關，追擊的清軍於蒲月十二日返回北京。

他按帝禮為崇禎發喪，諡崇禎為懷安端天子；處所官吏歸順者進級，順從者予以嚴懲；明宗室來歸者，不奪王爵，持續享有特權；安撫百姓，拔除明末三餉加派；凡投誠官吏軍民皆著剃髮；（是為剃髮令，這天然引發了漢族群眾的激烈反對，二十四日，多爾袞鑒於清統治尚未安定，宣佈收回成命，答應漢人還是束髮）持續彈壓大順軍，派新封都平西王吳三桂、英親王阿濟格、豫親王多鐸率兵兼程追剿李自成、張獻忠，這就使剛入關的清統治者很快獲得了京畿一帶官僚士紳的支撐，清軍在京畿直隸站穩了腳根。

朱媺娖也病得很重，並且對監國一事並不很主動，田承嗣在朝廷裡就是一個孤家寡人，連阮大铖都躲著不肯意見麵，此次田承嗣要麵對不但僅是東林黨，而是整江南的官僚士紳，誰叫田承嗣要逆天而行呢！

四月十七日，從北京逃出來的原大學士魏炤乘證明，北京朝廷已全數覆亡，作為留都的南京很天然地成了明朝的政治中間，這讓當政和在籍的大臣如雷轟頂，頓時亂成一團，對於他們來講當務之急是立君，而崇禎天子的三個兒子，有兩個被大順軍俘獲，隻要四皇子朱慈照下落不明，如許朱慈照就是大明天子最夠資格的擔當人。

錦衣衛和鳳陽駐軍產生牴觸，震驚了全部江南，使得江南的官僚士紳百姓，不得不正視田承嗣的存在，忽視田承嗣的錦衣衛，會帶來不成設想的結果，田承嗣把此次行動，說成是錦衣衛和鳳陽駐軍耐久摩擦形成的惡果，驚呆了的南京官員們，第一次冇有使出文人的大吵大鬨，而是一起抱團籌議如何對於田承嗣。

二十九日上午，李自成在武英殿內即天子位，接管群臣的朝賀，定國號大順，建元永昌，追尊七代祖妣為帝後，立妻高氏為皇後，但這個倉猝的即位典禮結束後，李自成當即率部西撤，李自成暫留幾千大順軍守城，離京前“分付闔城群眾俱各出城出亡”，同時命令放火焚燬大明宮殿和各門城樓，大順軍撤退時“城中扶老攜幼西奔者絡繹不斷”，明朝降官如龔鼎孳、塗必泓等人也主動隨大順軍西行。

南京（金陵城）六部等初級官員固然獲得了北京淪陷的動靜，卻因為對崇禎天子和他三個兒子的下落不明，他們不敢輕舉妄動因而周到封閉動靜，金陵城在明朝初年是帝國的都城，永樂年間遷都北京今後，南京作為留都一向儲存了六部、都察院等一整套與北京相對應的中心機構.這類兩京軌製的特性是：天子和內閣大學士等決策人物都在北京，北京的六部等衙門是名副實在的中心權力機構，南京各衙門多為虛銜，公事安逸任職官員被稱為“吏隱”，但職位普通不低於北京相對應的衙門官員，在留都握有實權的是南京參讚機務兵部尚書、南京守備寺人和提督南京軍務勳臣。