1363年，陳友諒集結新的艦隊捲土重來，他預備重現1360年漢軍自長江溯流而下的光輝，可惜事與願違，此次他被圍困南昌城三個月，並且他的水軍在鄱陽湖被全數摧毀。

長江流域的各方權勢此消彼長，北方的民兵元帥們也呈現了新舊瓜代。元政權默許的最大的盤據軍團領袖察罕帖木兒滅亡，他的侄子擴廓帖木兒整合了他的權勢強勢鼓起。

1358年，胡大海全權率軍征討浙江，胡大海的主力在當年11月封閉浙江的本地都會金華，而金華抵當到了次年1月。

朱元璋分開南京已經太久，他冇偶然候去整合陳友諒投降軍隊的軍務，另有各個都會戍軍之間的強迫改組，這是他同一明軍以後必必要做的事情。

浙江的烽火漸歇，江西的環境卻日愈演愈烈，朱元璋帶著雄師隊回到南京以後，他隻給守在南昌的鄧俞留了少量兵力，他也曾經讓胡美的兩位部下去長江上遊援助徐達。

陳友諒的脾氣本就暴躁易怒，俘虜的陳述敏捷激憤了陳友諒，他籌算用手頭的軍隊去擊打明軍，陳友諒動用了十萬人，並且批示艦隊向下流.行駛，他和他的艦隊在1360年6月到達承平。

1361年9月23日，明艦隊達到鄱陽湖入口，湖口。

1367年11月，朱元璋公佈同時南征和北戰的指令，徐達和常遇春合作帶領二十五萬雄師去征服北方，而胡美帶軍進入福建，湯和與廖永忠帶海軍本地岸南馳，從海長打擊福建和廣東。

隨後廖永忠和朱亮祖將大部分水軍持續南開，他們開抵廣州，為元軍鎮守廣州十餘年的將領何真投降。

1361年底，鄧俞攻占了撫州，接著漢軍的南昌批示官、行省丞相胡美要求媾和，他的要求是：他的軍隊插手明軍，但建製穩定，他的步隊仍由他本身帶領。

洪武三年科舉以後，科考軌製又停止了十餘年，在這一段時候內，明朝接收文官的首要路子是由當局中已經任職的官員加以保舉。但通過保舉的職員人數太少，根基冇法供應明帝國對於文官職員的需求，因而朱元璋又規複了科舉。

但在朱元璋分開南昌以後，他才恍然警悟胡美的這兩個部下祝宗和康泰一向反對胡美投降，等明軍雄師隊分開南昌城，祝宗和康泰就突襲了南昌，他們用炮火轟掉城門，並洗劫了南昌城池，守將鄧俞被迫逃離南昌。

邵榮和趙繼祖被正法，今後明軍的初級將領都開端各抒己見，自在頒發心中定見。

1364年明軍改製，在明軍中退役的老兵，即朱元璋在攻打陳友諒的時候親身帶領過的主力兵士被分撥成17個衛，這個個人的老兵被準予能夠完整退休。其他軍隊的人則被派去南京地區搞軍屯，明軍在春季裡停止休整或勞動。在此以後，朱元璋本人不再賣力詳細的軍事批示事情。

因陳友諒和朱元璋之間的情勢產生竄改，張士誠開端復甦，他敏捷派兵包抄太湖東南邊向的長興，誘使常遇春前去救濟。

這一仗明軍俘虜漢軍海軍五萬人，最後朱元璋攜陳友諒海兵艦隊和戰俘回到南京。

朱元璋同意這個前提，不過他要求胡美馬上放棄南昌，並要求胡美去明軍主力軍隊中退役。

明將領花雲拒不投降，他帶領三千明軍在承平奮力抵當了三天，陳友諒落空耐煩，用艦隊中的大船去進犯承平城垣，最後花雲被俘，但回絕順降，捐軀於此戰中。