豐臣家重臣、五推行之一的石田三成以為德川家康違背私戰禁令，調集各地大名於大阪城頒發《內府違背條則》，隨即起兵討伐德川氏。德川家康則將上杉戰事交給次子結城秀康，本身則帶領雄師與支撐他的豐臣武將回師應對石田三成。慶長5年（1600年），兩軍主力最後在近江一帶停止了決定今後天下情勢的關原之戰。

室町幕府滅亡後，信長持續毀滅了淺井、朝倉兩家，迫使伊勢國司北田具房將家督讓給信長之子北畠具豊。他還安定了三好、鬆永等南近畿權勢。不久以後，織田信長在近江興建安土城，作為織田政權的意味。天正3年（1575年），武田勝賴率軍進犯三河長筱城，與織田、德川聯軍在三河設樂原展開交兵。因為織田一方利用了鐵炮等新式兵器，形成武田氏折損諸多重臣。長筱之戰使武田氏走向式微，導致後者於1582年滅亡。

武田氏滅亡後，信長以近畿為核心，向四周快速擴大。天正10年（1582年）6月2日，織田氏家臣明智光秀在信長旅途中留宿京都本能寺之夜俄然叛變，信長和嫡宗子織田信忠前後戰死。是為本能寺之變。

霸王崛起，幕府滅亡

元龜4年（1573年），織田信長與將軍足利義昭正式分裂，信長強攻幕府地點的二條禦所，拘繫義昭，將其放逐至河內國若江城，並建立安土城。室町幕府宣佈滅亡。日本戰國期間前一百年的室町期間在此劃下句點，日本進入安土桃山期間。

開戰之初，以石田三成為本色帶領（名義上的統帥則為毛利輝元）的西軍守勢淩厲，打得以德川家康為帶領的東軍喘不過氣來。但是到了約莫中午時分，家康命令以火槍隊向其事前已拉攏、但是在疆場上按兵不動的的西軍大將小早川秀秋射擊，迫使他與吉川廣家等西軍大將陣前背叛，直逼西軍主陣。至此戰況急轉直下，西軍從稍占上風轉為完整潰敗。在日落之前，這場大戰便以東軍大勝告終。幾天後，石田三成被捕，他與小西行長以及安國寺惠瓊三人作為首要戰犯被處決，德川家康本色上代替了豐臣氏的政權。

慶長2年（1597年），秀吉再次出兵攻打朝鮮，慶長之役開端。同年2月，明朝再次出兵援助朝鮮，首以明末名將麻貴，與日軍加藤清正等人在蔚山交兵。朝鮮水軍在開戰初期被日軍擊潰，迫使朝鮮再次起用李舜臣抵當日軍。李舜臣在鳴梁海戰中擊敗日軍主帥來島通總，使局勢開端竄改。在兩軍對峙之際，慶長3年（1598年]）7月，太閣秀吉在京都伏見城病逝。日軍在五大老的決定下開端撤退。同年11月，明朝、鮮聯軍又於露梁海戰截擊大敗日軍，固然李舜臣在與島津義弘交兵中中彈而亡，日軍因為蒙受嚴峻喪失，終究撤退返國，慶長之役結束。文祿?慶長之役中，豐臣氏及參與戰役的大名耗損了極大的財力，而德川家康因為留守日本本土，並未參戰，是以氣力得以儲存，為以後代替豐臣氏奠定了根本。