在處理了奧秘信號所帶來的危急後，聯盟艦隊稍作休整，便持續在宇宙中履行巡查任務。但是，他們不曉得的是，一場更大的危急正在星際聯盟內部悄悄醞釀。

在一次前去邊疆星係的任務中，黑軒帶領艦隊到達了烽火紛飛的疆場。兩邊的戰艦在太空中狠惡交火，能量光束縱橫交叉。