卻說晉廷聞謝琰戰歿，亟遣將軍孫無終、桓鄙人、高雅之等，分討孫恩。恩轉寇臨海，為雅之所擊，退走餘姚。雅之進兵再戰，竟至敗績，退保山陰，部眾十死七八，詔令劉牢之都督會稽五郡，率眾擊恩。恩頗憚牢之兵威，複走入海。牢之乃東屯上虞，使劉裕戍勾章，吳海內史袁崧，築壘滬瀆，作為後備，才得少安。惟荊州刺史殷仲堪，前次雖不聽佺期，未襲桓玄，但心中也恐玄放肆，足為己患，以是與佺期仍相聯絡，互結姻緣。玄也頗聞佺期暗害，先事豫防，督兵屯戍夏口，用始安太守卞範之為長史，充作謀主；且引庾楷為武昌太守。楷嘗挾嫌挑釁，見嫉朝廷，故仲堪等免罪，楷獨不得遇赦。玄引罪報酬親信，已隱與朝廷抵擋，偏又上告在朝，謂：“殷楊必再惹事，請先給特權，以便節製”如此。會稽霸道子等，亦欲三人自相構隙，使他乖離，乃加玄都督荊州四郡軍事。又以玄兄桓偉，代佺期兄廣為南蠻校尉，佺期原是不平，廣更仇恨的了不得，定要發兵拒偉。惟佺期尚未敢遽發，禁廣暴動，且出廣為好都建平二郡太守。會後秦主姚興，寇晉洛陽，擒去河南太守辛恭靖，河洛一帶，接踵陷冇。佺期想出一條聲西擊東的戰略，擺設兵馬，陽言援洛，暗中實欲襲玄；自思兵力未足，仍遣使商諸仲堪。何必挑釁？仲堪又恐佺期失勢，也非己利，因答信苦勸，並遣從弟遹屯北境，防遏佺期。佺期不能獨舉，且未測仲堪命意，是以斂兵不動。仲堪多疑少決，諮議參軍羅企生，私語弟遵生道：“殷公柔嫩寡斷，終必及禍，我既