中進士後，顧允成尚未被授予官職。此時，恰遇南京督學禦史房寰上疏誹謗海瑞。顧允成倍感氣憤，與彭遵古、諸壽賢聯名上疏彈劾房寰，指出房寰是出於對賢者的妒忌而誹謗樸重的大臣。當時房寰誣告海瑞一事，朝中官員大多切齒仇恨，但是朝廷卻用心保護，隻意味性地攻訐了房寰。待到顧允成上書，朝廷即稱房寰已被處罰，而顧允成等人則被認定為越級妄奏。朝廷命奪去三人冠帶，遣返歸家檢驗，並責令九卿束縛辦事的進士，此後不得妄言時政。當時南京太仆卿沈思孝上疏替顧允成等討情，成果也被懲罰。

萬曆三十二年（1604 年），顧氏兄弟決定修複無錫城內的東林書院，獲得很多處所人士乃至常州知府、無錫知縣的幫助和支撐。同年十月，顧允成與顧憲成、攀附龍、安希範、劉元珍、錢一本、薛敷教、葉茂才（東林八君子）等人建議東林大會，製定了《東林會約》，規定每年停止大會1、二次，每月小會一次。

2、中第遣歸

3、複起再貶

2、倡導愛國實學思惟，影響深遠

萬曆二十二年（1594 年），顧憲成亦遭撤職還家。兄弟二人決定處置講學活動，鼓吹本身的政治主張。自萬曆二十二年至萬曆三十一年的十年時候裡，顧允成與顧憲成一起在故裡講學。江南學人聞風趨赴，涇裡客舍到處都住滿前來聽講者。張涇在當時成為江南無錫地區學術思惟傳播的首要活動中間。

南京禦史多次奏薦，顧允成曆任多職。萬曆二十一年（1593 年），天子下詔 “三王並封”，這一行動在朝廷中引發了極大的爭議。顧允成與張納陛、嶽元聲合疏切諫，果斷反對這一決定。他們指出，自明朝建立以來，嫡宗子被封王（而非太子）的事未曾有過，王錫爵怎能專斷此事，皇上豈能違背祖訓首創此事。此前已有朱維京、王如堅、塗傑、王學曾等官員進諫而被貶謫，但上書諫止的官員越來越多，天子曉得不能全數懲辦，隻命遵旨行事。

1、複建東林書院，鞭策學術生長

東林書院修複後，顧允成與顧憲生長年寒暑不綴，早出晚歸，為講學奔波。因為書院內江南遠近士人雲集，顧氏兄弟在主持講會時既要與人發言會商、酬答釋疑，同時還要賣力安排赴會學人的炊事寢居。當時無錫城內除東林書院外，顧家彆無其他棲息之所。為便當講學，免除馳驅勞苦。顧允成於書院修複次年，出資在東林書院後購買一塊宅基，建成 “小辨齋”，作為他在城內的居息講學之所。

顧允成雖已離世，但他的故事和精力，將永久被先人銘記。他的剛正不阿、勇於直言，以及對學問的固執尋求，都是我們學習的表率。

不久後，吏部尚書孫鑨等因為再提此事而被懲罰。顧允成又主持公道，上疏指責閣臣張位，還牽涉到王錫爵。張納陛也隨之擁戴上書。天子看後大怒，以忤旨罪名將顧允成貶為光州判官，張納陛貶為鄧州判官。

5、去世追封

顧憲成撤職還家後，兄弟二人講學，江南學人聞風而至。他們修複東林書院，建議東林大會，製定《東林會約》。顧允成出資建 “小辨齋”，作為居息講學之所。

1、少年經曆

在 “三王並封” 事件中，顧允成與張納陛、嶽元聲合疏切諫，果斷反對。後又主持公道，上疏指責閣臣張位，還牽涉到王錫爵。雖是以被貶為光州判官，但他未領旨到差，而是請辭歸家，以行動表達對朝廷不公道決策的抗媾和對公理的死守。