《品德經》第四十二章曰：“道生一，平生二，二生三，三生萬物，萬物負陰而抱陽，衝氣覺得和。”由知名大道化生渾沌元氣，由元氣化生陰陽二氣，陰陽之相和，生天下萬物。第十四章又說：“視之不見名曰夷，聽之不聞名曰希，搏之不得名曰微。此三者不成致詰，故混而為一，”以為一化為三，三合為一，“用則分三，本則常一”。厥後玄門以此衍化出居於三清勝境的三位尊神。是以“三清”尊神在玄門神仙體係中位為最尊，《玄門義樞》卷七引《太真科》說：“大羅生玄元始三氣，化為三清天也：一曰清微天玉清境，始氣所成；二日禹餘天上清境，元氣所成；三曰大赤天太清境，玄氣所成。今後三氣各生，”據《雲簋七籖》和《道法會元》等道書記錄，清微天玉清境，混洞太無元，其氣始青，真道升聖境，天寶尊(元始天尊)治之；禹餘天上清境，其氣元黃，仙道升真境，靈寶尊治之；大赤天太清境，其氣玄白；人道升瑤池，道天尊居之。文曰：“此四種民天，即三界之上，災所不及四種民天上有三清境。三清之上便是大羅天，元始天尊居此中，施化敷教。天寶君治在玉清境，清微天也。靈寶君治在上清境，即禹餘天也，神寶尊(品德天尊)治在太清境，即大赤天也。”(《雲簋七籖》卷三《玄門本始部》)又據《集說詮真》引《讀書紀數略》雲：“三清者玉清聖境，元始居之；上清聖境，道君居之；太清瑤池，老君居之。”同時，玄門的三清尊神還反應了玄門“三洞真經”的神化。《雲簋七籖》卷六《三洞經教部》說：“《道門大論》雲三洞者，洞言洞也。通玄達妙，其統有三，故雲‘三洞’。第一洞真，第二洞玄，第三洞神。乃三景之玄旨，八會之靈章。”按照《道法會元》卷一《清微道法關鍵》關於清微神位的記錄；清微聖祖玉清元始妙道上帝代表洞真經部，太玄輔之，傳玄門清微派；清微玄祖上清靈福玉雇大道君，代表洞玄經部，承平輔之，傳靈寶派；清微鼻祖太清品德五靈玄老君代表洞神經部，太清輔之，正一盟威之道通貫三洞，傳品德派和正一派。三清是玄門對其所信奉的三位最高天神的合稱。這三位最高天神指：“玉清境清微天元始天尊、上清境禹餘天靈寶天尊，太清境大赤天品德天尊。此中所謂玉清境、上清境、太清境是所居瑤池的辨彆，清微天、禹餘天、大赤天是所統天界的分彆，而天尊的意義則是說，極道之尊，至尊至極，故名天尊。元始天尊約在晉代纔在玄門神係中呈現。它被說成是由赤混洞太無元的青氣化生的。每到劫數終儘，六合初開，就出來傳授秘道，開劫度人。靈寶天尊在玄門神係中呈現，則晚於元始天尊，是南北朝時纔有的。它被說成是由混太無元玄黃之氣所化生，又稱太上道君，也隨劫數出法度人。品德天尊即老子，又稱太上老君。為了構成三清尊神的品級序列，它被說成是由冥寂玄通元玄白之氣化生的。究竟上，玄門從創建之時起，就尊奉老子為教主，進而說他上處五京，為神王之宗；下在紫微，為飛仙之主，成了至尊天神，並且常常兼顧降世，無世不存。但在三清中，其職位處於最低層，明顯分歧統統玄門徒的信奉，以是到厥後，又產生了老子一氣化三清的說法。