“一氣化三清”最早出自許仲琳著的《封神演義》，寫的是太上老君與通天教主鬥法時，太上老君用一氣化出三個法身的故事。玄門三清原指玉清、上清、太清三位尊神，全稱為太清境大赤天品德天尊，簡稱品德天尊，又稱太上老君，是玄門最早祟奉的至尊之神，或說化身老子，後因呈現“一氣化三清”之說，由一尊神變成三尊神，以太上老君列三清第三位神。老子者，老君也。《雲笈七簽》又用之以寫三清之產生，“原夫道家由肇，起自無先，垂跡應感，生乎妙一，從乎妙一，分為三元，又從三元變生三氣，……三元者，第一混洞太無元，第二赤混太無元，第三冥寂玄通元。從混洞太無元化生天寶君，從赤混太無元化生靈寶君，從冥寂玄通元化生神寶君。”"老君修得氣兼顧,一體玄功各立名;同拜鴻鈞修品德,原是一氣化三清!"既然三元變生三氣，又化生三位天神，此三位天神天然即為三氣所化或為三氣之表現者。這三位天神實即後代所稱之三清尊神。故後代有”一氣化三清“之說，表白”氣“是構造玄門最高神的根基要素。一樣，最高神之下的眾神仙，也由“氣”所構成。如“玉帝，在玄門即三清之化。”即三清祖氣所化，“五老上帝者，五氣之根宗，五行之本始也。表白玉皇大帝、五老君的“氣”是直接源自根宗.

三清為道家哲學“三一”學說的意味。《品德經》第四十二章曰：“道生一，平生二，二生三，三生萬物，萬物負陰而抱陽，衝氣覺得和。”由知名大道化生渾沌元氣，由元氣化生陰陽二氣，陰陽之相和，生天下萬物。第十四章又說：“視之不見名曰夷，聽之不聞名曰希，搏之不得名曰微。此三者不成致詰，故混而為一，”以為一化為三，三合為一，“用則分三，本則常一”。厥後玄門以此衍化出居於三清勝境的三位尊神。是以“三清”尊神在玄門神仙體係中位為最尊，《玄門義樞》卷七引《太真科》說：“大羅生玄元始三氣，化為三清天也：一曰清微天玉清境，始氣所成；二日禹餘天上清境，元氣所成；三曰大赤天太清境，玄氣所成。今後三氣各生，”據《雲簋七籖》和《道法會元》等道書記錄，清微天玉清境，混洞太無元，其氣始青，真道升聖境，天寶尊(元始天尊)治之；禹餘天上清境，其氣元黃，仙道升真境，靈寶尊治之；大赤天太清境，其氣玄白；人道升瑤池，道天尊居之。文曰：“此四種民天，即三界之上，災所不及四種民天上有三清境。三清之上便是大羅天，元始天尊居此中，施化敷教。天寶君治在玉清境，清微天也。靈寶君治在上清境，即禹餘天也，神寶尊(品德天尊)治在太清境，即大赤天也。”(《雲簋七籖》卷三《玄門本始部》)又據《集說詮真》引《讀書紀數略》雲：“三清者玉清聖境，元始居之；上清聖境，道君居之；太清瑤池，老君居之。”同時，玄門的三清尊神還反應了玄門“三洞真經”的神化。《雲簋七籖》卷六《三洞經教部》說：“《道門大論》雲三洞者，洞言洞也。通玄達妙，其統有三，故雲‘三洞’。第一洞真，第二洞玄，第三洞神。乃三景之玄旨，八會之靈章。”按照《道法會元》卷一《清微道法關鍵》關於清微神位的記錄；清微聖祖玉清元始妙道上帝代表洞真經部，太玄輔之，傳玄門清微派；清微玄祖上清靈福玉雇大道君，代表洞玄經部，承平輔之，傳靈寶派；清微鼻祖太清品德五靈玄老君代表洞神經部，太清輔之，正一盟威之道通貫三洞，傳品德派和正一派。