戰後的清理與重修事情艱钜展開，聯盟艦隊穿越於各個受創星係，幫手修複故裡、規覆文明。但是，在對一處曾被渾沌力量重度腐蝕的陳腐星域停止探測時，科學家們發明瞭非常。一種近似渾沌能量的“殘穢”正以詭異的體例在空間中伸展，雖其強度遠不及渾沌殘虐時，但卻能悄悄滋擾四周的能量場，影響星球的生態均衡。

渾沌殘穢彷彿發覺到了威脅，猖獗地抵擋。旋渦急劇擴大，開釋出更強的能量束進犯聯盟艦隊。雲燼沉著沉著地批示艦隊停止防備，同時不竭調劑曙光晶的能量輸出。

帶著曙光晶，聯盟敏捷製定了淨化渾沌殘穢的打算。雲燼批示艦隊來到受渾沌殘穢影響的星域，將曙光晶安設在特製的能量發射器中。跟著發射器啟動，曙光晶開釋出刺眼的光芒，次序之力如澎湃的大水，向著渾沌殘穢的旋渦囊括而去。

與此同時，在另一個星係的圖書館星球上，一名汗青學家在塵封的卷軸中找到了關於這類水晶的記錄——曙光晶。傳聞，曙光晶出世於宇宙初開之際，包含著純潔的次序之力，是渾沌的天然剋星。但曙光晶極其罕見，且大多已在冗長的光陰中失落。

雲燼得知這一動靜後，立即命令聯盟艦隊儘力搜尋曙光晶的下落。顛末冗長而艱苦的摸索，終究在一個被忘記的星係邊沿，一艘摸索飛船發明瞭一顆披髮著微小光芒的星球。當他們靠近時，儀器顯現星球內部包含著大量與曙光晶符合的能量反應。

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雲燼深知，宇宙的戰役與生長需求每一個生命的共同儘力。他穿越於各個星係之間，傳播著連合、合作與進步的理念。在他的引領下，宇宙逐步構成了一個緊密相連的共同體，曾經的紛爭與隔閡在共同尋求誇姣將來的門路上垂垂消逝。

埃琳娜博士操縱特製的儀器對旋渦停止掃描，成果顯現，這些殘穢能量彷彿在試圖自我重組，彷彿具有某種恍惚的“意誌”。俄然，旋渦中射出幾道能量束，精準地進犯了行動小組的飛船。飛船狠惡搖擺，護盾能量驟降。兵士們敏捷反擊，但是進犯彷彿對這股能量並無本色結果。

在狠惡的對抗中，曙光晶的次序之力逐步占有上風，渾沌殘穢開端被緩緩淨化。但是，就在淨化即將完成之時，旋渦中間俄然發作出一股超強的能量，試圖突破曙光晶的淨化。