開庭當日，構成軍事法庭的11國的查察官向法庭提出告狀書，被告原有28人，實際受審者為25人。告狀書以粉碎戰役罪、戰役罪、違揹人類罪控告被告自1928年1月1日至1945年9月2日期間犯下的罪過。在審判過程中，最令人感到不測的是中國末代天子溥儀以證人身份呈現在法庭上，這不但引發了全部日本的存眷，也引發了全天下的諦視。溥儀出庭8天，使大量被日本決計坦白的罪過和戰役奧妙重見天日，而南京大搏鬥倖存者在法庭的呈現，也讓被告坦白究竟本相的詭計停業。

為了表達本身的態度，梅汝璈又憤然脫下了意味法官權力的玄色絲質法袍，回絕“彩排”，使得預演推遲了半個多小時。

1946年3月20日，在自家的客堂內，42歲的梅汝璈對前來采訪他赴東京擔負遠東國際軍事法庭法官一事的記者說道：“審判日本戰犯是人道公理的勝利，我有幸受國人之托，作為寂靜的國際法庭法官，決竭力依法行事，不負當局與國人囑望。”

因為梅汝璈的據理力圖，坐次題目獲得體味決，但緊接著，梅汝璈又發明瞭一個題目，他看到在審判席前麵，插在第一名的是美國國旗，而中國排在了第二位。梅汝璈立即向庭長韋布提出，中國國旗應當插在第一名。當韋布傲慢地扣問來由時，梅汝璈慷慨陳詞道：“17年間，為抗擊日本侵犯者，我國軍民傷亡逾3500萬人，擊斃擊傷日軍達130多萬，占日軍在第二次天下大戰誹謗亡總數的70%。究竟充分證明，中國恰是打敗日本軍國主義的主力。”

從1950年開端，盟軍駐日本最高統帥麥克阿瑟為了拉攏日本，不顧天下各國的反對，將判刑的戰役罪犯以各種來由連續開釋出獄，有些人還重新走上了政壇。