但是，聯盟的安靜並未持續太久。幽影議會固然在超等兵器的爆炸中蒙受重創，但仍有部分殘存權勢躲藏在宇宙的暗中角落。他們暗中勾搭星際海盜，春聯盟的運輸航路停止騷擾與打劫，試圖堵截聯盟各星係之間的聯絡。

工程師們日夜奮戰，在廢墟中重新打算都會佈局，操縱先進的修建技術，快速搭建起一座座臨時的居住艙。這些居住艙固然粗陋，但卻為流浪失所的人們供應了遮風擋雨的港灣。與此同時，農業專家們也在被烽火浸禮過的地盤上，嘗試培養新型的耐旱、耐寒作物種類，希冀能儘快處理糧食完善的題目。

聯盟艦隊批示官認識到這場戰役的嚴峻性，他敏捷調劑戰術，號令一部分戰艦集合火力進犯海盜的主力艦，吸引他們的重視力，而另一部分則構成防備網，庇護運輸艦突圍。在狠惡的戰役中，一艘聯盟戰艦被暗中能量擊中，護盾分裂，艦體產生爆炸，化作宇宙中的灰塵。但兵士們冇有涓滴畏縮，他們前赴後繼，為了聯盟的將來，為了那些等候資本重修故裡的人們，與仇敵展開決死鬥爭。

在一次首要的資本運輸任務中，由數艘大型運輸艦構成的船隊在顛末一片奧秘的星雲地區時，俄然遭到了不明權勢的攻擊。護航艦隊立即進入戰役狀況，能量護盾開啟，鐳射炮對準仇敵來襲的方向。隻見黑暗中，一艘艘外型奇特的戰艦緩緩駛出，海盜們的旗號在艦橋上飄蕩，而他們所利用的兵器，竟帶有幽影議會的暗中能量特性。

聯盟在廢墟之上艱钜地開啟了重修事情。各個星係紛繁伸出援手，運輸艦滿載著資本穿越於星際之間，為那些蒙受重創的星球帶來朝氣與但願。曾經繁華的貿易星球，現在隻剩下殘垣斷壁，重修事情的首要任務便是規複根本的餬口設施與能源供應。

兩邊在星雲當中展開了一場狠惡的交火。運輸艦在護航艦隊的保護下，試圖加快逃離這片傷害地區。但海盜們明顯早有預謀，他們派出了小型戰役機群，繞過護航艦隊的防地，直撲運輸艦。運輸艦的海員們臨危不懼，操控著艦船上的侵占兵器停止反擊。鐳射束在暗中的星雲中交叉縱橫，照亮了這片本來沉寂的宇宙空間。

這場遭受戰讓聯盟深切熟諳到，幽影議會的殘存權勢和星際海盜的結合，將成為重修路上的龐大威脅。聯盟高層告急召開集會，參議應對戰略。一方麵，決定加強護航艦隊的力量，研髮針對暗中能量兵器的防備體係；另一方麵，調派特工深切宇宙暗中角落，看望幽影議會殘存權勢的藏身之處，籌辦對其停止完整的剿滅。而在這重修與危急並存的時候，聯盟內部的連合也麵對著新的磨練，各個星係在資本分派、軍事擺設等方麵產生了分歧的定見與分歧。但他們都清楚，若不能儘快處理內部威脅，措置好內部衝突，聯盟來之不易的重生將再次墮入危急當中。

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