劉肇奪回權力後，派鄭眾到皇後所居的長秋宮任職，擔負大長秋，成為陰皇後的近侍。而在策勳班賞的過程中，鄭眾老是推讓的多，接管的少，這類謙遜仁愛之心，很得劉肇的讚美。是以，劉肇常與他籌議事情。《後漢書》作者範曄以為東漢“中官用權，自（鄭）眾始焉”[] ，但也有學者提出貳言，指出和帝期間寺人鄭眾並無多大權力，鄭眾擔負的大長秋僅僅是辦理後宮事件，鄭眾本人直到永元十四年（公元102年）才被封為鄲鄉侯，食邑也隻要一千五百戶[] ；且寺人封侯並非劉肇初創，西漢期間呂後就曾給寺人封侯[] 。

永元五年（公元93年），北匈奴於除鞬單於兵變，劉肇派任尚將其討滅[] 。同年，南匈奴單於安國兵變，被骨都侯喜斬殺[] 。

劉肇對有不對之人，也能按照環境，從寬措置。永元九年（公元97年），竇太後歸天。因為宮廷緊守奧妙，漢和帝為梁朱紫所生的究竟始終冇予公開。竇太後身後，梁家纔敢奏明朝廷，為梁朱紫討一個說法。這時，漢和帝也才曉得了本身的出身之謎。但在如何安設竇太後的題目上，三公上奏：“請依光武帝黜呂太後故事，貶竇太後尊號，不宜合葬先帝”。劉肇念及竇太後對本身的哺育之恩，以為“恩不忍離，義不忍虧”，不該有所降黜，因而不降尊號，追諡章德皇後，對生母梁朱紫、養母宋朱紫的題目也都妥當安設。梁朱紫被追封皇太後。

寺人政策

經濟上，劉肇多次下詔施助哀鴻[] 、安設流民[] ，並減免賦稅[] ；要求勿違農時，以包管農業出產時候[] 。在他統治期間，東漢墾田麵積達732萬多頃（公元105年），為東漢一代之最；戶籍人丁達5325萬多人[] 。

劉肇非常體恤百姓痛苦，多次下詔理冤獄、恤鰥寡、矜孤弱、薄賦斂，警告高低官吏，要求他們檢驗形整天災天災的本身啟事[] 。在他統治期間，東漢國力達到鼎盛，時人稱為“永元之隆”[] 。

永元四年（公元92年）三月，袁安薨逝。當時群臣不敢與竇氏抗議，唯獨袁安果斷不移，在朝堂與竇氏固執抗爭十次以上，竇太後不聽，群臣皆擔憂他的安危，而他卻始終平靜自如[] 。劉肇和朝臣皆倚仗袁安[] 。袁安薨逝後，丁鴻接任大司徒[] 。

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政治

永元十六年（公元104年）春正月，劉肇下詔對有田業卻匱乏不能自農的窮戶，發放糧食種子。夏四月，派三府掾分行四州，為冇有耕牛的窮戶，供應必然用度為其雇牛耕作，從而促進了牛耕的提高。[]

當時，人丁50-60萬的大郡每年舉孝廉二人，而人丁20萬的小郡也是每年舉二人，劉肇發明，各郡人丁數量分歧，而每年分派的名額不異，就形成了選官上的不公允。因而，永元四年（公元92年）劉肇誅殺竇氏外戚後，召開朝會與公卿大臣商討鼎新辦法，終究采取太尉丁鴻與司空劉方的建議，遵循人丁數量分派推舉名額：人丁滿20萬每年舉孝廉一人，滿40萬每年舉孝廉兩人，滿60萬每年舉三人，滿80萬舉四人，滿100萬舉五人，滿120萬舉六人。而不滿20萬的每兩年舉一人，不滿10萬的每三年舉一人，] 從而促進了漢朝察舉選官的公允性。