劉肇體恤公眾痛苦，多次詔令理冤獄，恤鰥寡，矜孤弱，薄賦斂，警告高低官吏當真思慮形整天災天災的本身啟事。而他也常常以此自責，如永元八年（公元96年）都城洛陽地區產生蝗災，他下詔起首說：“蝗蟲之異，殆不虛生，萬方有罪，在予一人。”憂民之心，殷殷可見。[] 嶺南（今廣東地區）解纜生龍眼、荔枝，為了滿足朝廷需求，常常“十裡一置，五裡一候，日夜傳送”，經風曆險，勞民傷財。唐羌上書，要求停止，劉肇唆使：“遠國珍羞，本以薦奉宗廟，苟有傷害，豈愛民之本？其敕太官勿複受獻！”愛民之意，發自肺腑。[]

永元五年（公元93年）仲春，劉肇命令將京師洛陽上林苑、廣成苑的果園借給窮戶，讓他們隨便采摘，不收稅。[] 永元十一年（公元99年）仲春，劉肇派人巡查各郡國，命令讓受災不能贍養本身的人到山林池澤中捕撈彙集食品，不收稅。[]

永元十四年（公元102年）春，安寧郡兵攻滅燒何羌部落，西海（青海湖）與大小榆穀之地不再有羌人打擊的能夠，劉肇便在其地設立西海郡，出兵駐守，將青海湖及大小榆穀之地歸入版圖[] 。十一月，劉肇采取司空徐防鼎新太學策試的建議[] 。

永元四年（公元92年）三月，袁安薨逝。當時群臣不敢與竇氏抗議，唯獨袁安果斷不移，在朝堂與竇氏固執抗爭十次以上，竇太後不聽，群臣皆擔憂他的安危，而他卻始終平靜自如[] 。劉肇和朝臣皆倚仗袁安[] 。袁安薨逝後，丁鴻接任大司徒[] 。