劉肇奪回權力後，派鄭眾到皇後所居的長秋宮任職，擔負大長秋，成為陰皇後的近侍。而在策勳班賞的過程中，鄭眾老是推讓的多，接管的少，這類謙遜仁愛之心，很得劉肇的讚美。是以，劉肇常與他籌議事情。《後漢書》作者範曄以為東漢“中官用權，自（鄭）眾始焉”[] ，但也有學者提出貳言，指出和帝期間寺人鄭眾並無多大權力，鄭眾擔負的大長秋僅僅是辦理後宮事件，鄭眾本人直到永元十四年（公元102年）才被封為鄲鄉侯，食邑也隻要一千五百戶[] ；且寺人封侯並非劉肇初創，西漢期間呂後就曾給寺人封侯[] 。

鼎新察舉

同年十月，劉肇行幸長安，下詔尋求漢高帝功臣蕭何、曹參的遠親，讓他們擔當封地，表示群臣效仿二位功臣；同時詔令竇憲入長安伴駕，竇憲達到後，朝臣暗裡群情拜他時高呼“萬歲”，尚書韓棱氣憤指責：“禮無人臣稱萬歲之製！”才止住了這場鬨劇。十一月，劉肇祭奠漢高帝等西漢十一陵。十仲春，班超禮服西域的龜茲、姑墨、溫宿等國的動靜傳來，劉肇命令複置西域都護，命班超擔負此職，同時冊封隨行的龜茲國侍子白霸為王，派人護送他回到龜茲國擔當王位。[] 同月，劉肇從長安返回京師洛陽。[]

撫卹百姓

劉肇當政期間，多次下詔納賢[] 。劉肇深知吏治對一個政權的首要性，非常正視官吏的提拔任用。當政期間，曾四次專門下詔納賢，並且親身策問，選用官員[] 。

永元八年（公元96年）仲春，劉肇冊立朱紫陰氏為皇後（即孝和陰皇後）。到永元十四年（公元102年）六月，他下詔廢黜陰皇後，並於十月冊立朱紫鄧綏為皇後。 因為鄧綏“有丈夫之性”，劉肇便讓她參與並曉得外朝政事[] 。

劉肇當政期間，在法製上主張寬刑[] ，任用的掌管刑獄的廷尉陳寵，便是一個富於憐憫心的仁愛之人，每次斷案，都根據典範，而“務從寬恕”[] 。

元興元年十仲春二十二日（公元106年2月13日），劉肇病死於洛陽章德前殿，時年二十七歲。[] 劉肇駕崩後，他出世僅一百餘日的兒子劉隆繼位，即漢殤帝。

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選官用賢

表裡政事

懲辦豪強

在劉肇奪回政權的過程中，參與者除了清河王劉慶與大臣丁鴻以外，寺人鄭眾也幫忙劉肇在《漢書·外戚傳》中尋覓天子誅殺外戚的故事，為劉肇的決策供應了更多參考[] 。固然鄭眾提出“亟行其誅”的建議並未被劉肇采取[] ，但當時大多寺人都憑藉竇氏外戚，唯獨鄭眾一心忠於漢室，不湊趣竇氏一黨，獲得了漢和帝的信賴。