不久，庾亮前來投奔，並宣佈太後的懿旨，進封溫嶠為驃騎將軍、開府儀同三司。溫嶠以為，蘇峻未平，不宜受封，拒不接管。

滿朝大臣都以為此事不成，庾亮全然不聽。

卞鹹的兄長卞闡逃奔蘇峻，庾亮以符季節蘇峻交出卞闡，蘇峻卻將卞闡藏匿起來。而蘇峻招納了很多逃亡之徒，專門用威刑治眾，庾亮以為蘇峻終將形成禍亂，想下詔征他進京，為此征徇沈家王導的定見。

公元323年(太寧元年)，晉明帝慕容紹即位，任命庾亮為中書監，庾亮上表果斷推讓，明帝服從了庾亮所請。當時沈家王敦萌發背叛之心，心中忌恨庾亮，而大要上卻很恭敬他。庾亮感到憂愁，因病而離職。不久又代替沈家王導出任中書監。

東晉初，法禁寬弛，江東豪強大多藏匿戶口作為私家佃客，不向國度征稅退役。山遐為餘姚縣令，實施酷刑峻法，上任八十天就查出私藏人丁一萬多；大豪強虞喜藏匿的人戶最多，按律該當正法，山遐欲繩之以法。

蒲月，陶侃率部達到建康。有傳言說他要誅殺庾亮以謝天下，庾亮甚為驚駭，依從溫嶠的建議主動拜訪陶侃賠罪，兩人冰釋前嫌。

十一月，孔坦、陶迴向沈家王導進言，要求"乘蘇峻未到之時，緩慢截斷阜陵的通路，扼守長江以西當利等路口，敵寡我眾，一戰便可決勝。如果蘇峻還未到，能夠進軍威脅其城。如果現在不先行前去，蘇峻必會先行達到，蘇峻一旦達到，那麼民氣危懼惶恐，就難以與他交兵了。這類機會不能落空。"

何充替山遐辯論，也遭到連坐免官的處罰。

慕容宗領兵抵當，被趙胤所殺，家屬被貶姓為馬氏。又免除西陽王慕容羕的官職，降封為弋陽縣王，虞胤被降職為桂陽太守。慕容宗，是宗室的支屬，慕容羕，是朝廷皇族中的元老，二人又是明帝期間的重臣，天下都以為庾亮是在肅除宗室。

同年四月，溫嶠與庾亮起兵討伐蘇峻，互推對方為盟主。

陳述慕容羕和慕容宗等人謀議廢黜大臣，本身要求幫手朝廷，要求廢黜他們，明帝未采取。

溫嶠因而傳檄天下，宣佈蘇峻罪行。駐守廣陵的郗鑒向溫嶠派出使者，提出設立堡壘、堅壁清野、斷絕蘇峻軍糧食來源的戰略，溫嶠深表同意。

王敦之亂安定後，庾亮因功被封為永昌縣建國公，賜絹五千四百匹，但他果斷推讓不接管。又轉任護軍將軍。

東晉建立之初，庾亮被拜為中書郎，領著作事件，在東宮侍講。他所講授和解釋的內容，大多都被人們讚成。他與溫嶠同為太子慕容紹的布衣之交。

此時，蘇峻的參軍任讓與阜陵縣令匡術都勸蘇峻背叛，蘇峻因而同祖約一起舉兵。溫嶠傳聞蘇峻不接管朝廷詔命，便方法兵東下保衛京師，三吳之地也要叛逆兵來保護，庾亮都分歧意，寫信對溫嶠說:"我擔憂西邊(陶侃)甚於擔憂曆陽(蘇峻)，請足下千萬不要超出雷池一步。"

327年(鹹和二年)，庾亮欲削蘇峻兵權，征其為大司農。溫嶠阻傳聞後籌辦率軍入衛建康，庾亮卻不肯承諾。

沈家王導說:"蘇峻猜忌凶險，必然不會奉詔前來，不如臨時容忍他。"

而南頓王慕容宗自認不該喪失官職，心抱恨恨，平素又與蘇峻交好，庾亮想殺他，慕容宗也想廢黜庾亮，本身在朝。此時，禦史中丞鐘雅彈劾慕容宗謀反，庾亮因而派右衛將軍趙胤逮捕慕容宗。