不過尚藩南下兵員清廷已有定製。不準其擅自征召，特彆不得招募綠營將兵。更不得私藏兵將，為此尚可喜實在費了一番手腳方將吳部歸入麾下。初時。隻要吳進忠於藩下服從，並未曾支出旗中。

永曆朝廷聞知二王兄弟在鄖陽歸正以後，舉朝歡娛，永曆天子當即任命王光泰為鎮武將軍，爵鎮武伯；王昌為鄖襄總兵，其部李世英為河南總兵，作為使者往湖南聯絡督師何騰蛟的武進忠亦得了何騰蛟青睞，親身為其請來右營協理副將一職。

李定國二攻新會，平、靖二藩接踵派兵入城戍守，靖藩以平藩為首，平藩兵馬則以漢軍旗參將由雲龍、右翼總兵官吳進忠馬首是瞻。吳進忠自知身份不比由雲龍這個漢軍旗參將，是以守城事件不問大小悉向由雲龍叨教。

而後平、靖二藩揮師廣東，大小交戰上百，吳進忠所部每戰都為前鋒，斬獲甚眾。攻打廣州之時，吳進忠更是自請所部十八懦夫為入城前鋒，趁夜騙開廣州城門，為清軍攻入城中立下大功。憑此功績，吳進翼在尚藩麾下職位不竭上升，雖未曾入鑲藍漢軍旗，卻可批示旗兵作戰，並且官階也高升為了右翼總兵官。廣州城內除二王藩下直屬旗兵，總督府的督撫標兵，其他兵馬名義上的右翼總兵官吳進忠都可批示。

就在二王兄弟退往夔東地區的路上，吳進忠俄然率部掉頭返回鄖陽，王光泰聞訊後急派使者往吳部禁止，殊料使者還未入營就被吳進忠部下斬殺。殺掉使者後，吳進忠一刻也不敢逗留，星夜直奔鄖陽向清軍投降。再次隆清的吳進忠獲得了喀喀木信重，不但冇有奪其部曲。更是任其為鄖襄副將。

弘光元年，清軍阿濟格部南下追擊大順軍至鄖陽時，王光恩又同明朝的鄖陽巡撫徐起元一同降了阿濟格。降清後，王光恩被任命為襄陽總兵，而時在王光泰部下的吳進忠不過是個小小千總。

順治三年，王光恩同清廷委任的鄖陽巡撫潘士良產生衝突，被潘士良誣告拘繫解往北京，清廷另調南陽副總兵楊文富代理襄陽總兵一職，企圖兼併改編三王部下人馬。王光泰、王昌兩兄弟見勢不妙，遂先動手為強，帶領所部8000兵馬反清，殺代理總兵官楊文富、分巡下荊南道甘文奎、襄陽知府楊礦、推官李實發、襄陽知縣潘朝佑等清廷委任的襄陽諸官。反清以後，王光泰派吳進忠前去湖南向督師何騰蛟報訊。

率兵圍山的清軍將領恰是周士相想親手活剝的平南藩下右翼總兵官吳進忠，此人並非漢軍旗出身，也非尚可喜從遼東帶來的白叟，而是原李自成大順軍王光泰部出身。

王光泰部下總兵官李世英做為二王前鋒，率部欲往陝西彙合本地反清武裝，不幸被清軍擊敗。冇法前去陝西後，王光泰和王昌籌議後率餘部四千餘人退往夔東地區，同大順軍餘部李來亨、劉體純、袁宗第、郝搖旗、賀珍等部結合作戰，成為厥後“夔東十三家”之一。

由雲龍被周士相剌身後，吳進忠領受新會防務，城中漢軍旗、綠營都歸其提調，傳聞平南王尚可喜已經故意向清廷請奏吳進忠為廣東提督，如果此任命能被清廷通過，吳進忠便能當上當年李成棟做夢都想當上的廣東提督要職。

孫定遼大敗動靜傳到北京。清廷攝政王多爾袞當即命吏部侍郎喀喀木率滿、漢軍隊3000人南下往剿二王，又令河南總兵張應祥、開歸總兵高第等合兵同剿。得知清廷派出滿州大兵前來，又有河南總兵張應平和開歸總兵高第部同來，王光泰知己方兵力冇法對敵，遂退出鄖陽城，臨走前命為右營協理副將的吳進忠率人將鄖陽城付之一炬。