崇禎對袁崇煥的猜忌，從“請發內帑事件”開端。帶兵的統帥催討欠餉，本是理所當然的事情，但債主對於借主催討欠款，非論借主的來由如何充沛，債主自但是然的會對他非常憤恨，如果借主威名震於天下而又握有武力，十幾歲的少年債主除了悔恨以外還會驚駭。崇禎又不敢獎懲袁崇煥與皇太極談和。這“不敢”兩字當中，天然隱伏了“將來和你計帳”的心機身分。

袁崇煥的新任命，實際上是有權管到皮島東江鎮的。朝中因而有人建議皮島的糧餉經過寧遠轉運，意義是交由袁崇煥節製。乃至有人主張撤退皮島守軍，全數調去寧遠。這些主張，都遭到毛文龍的順從，而兵部又對毛相稱支撐。

天啟四年蒲月，毛文龍遣將沿鴨綠江、越長白山，攻入滿清東部，為守將擊敗，全軍淹冇；五年六月及六年蒲月，曾兩次派兵攻擊滿清城寨，兩次都喪師敗歸。毛文龍兵戈是不可的，但是比年攻擊滿清要地，不失為有管束作用。當時候明軍一見清兵就望風而遁，毛文龍膽敢主動反擊，該當說勇氣可嘉。

崇禎接位後，毛文龍風格不改。朝廷感覺皮島破鈔糧餉太多（因毛文龍要的是十萬名官兵的糧餉），要派人去核數查帳。毛文龍多方推托，總之是不歡迎禦用管帳師駕臨。

初五日，袁崇煥邀毛文龍一起檢閱將士比賽射箭。相見後，袁崇煥說：“我明天要回寧遠了。貴鎮身當國度外洋重寄，請受我一拜。”說著下拜，毛文龍跪下行禮。大師上山後，袁的親信參將謝尚政批示各營兵士布成一個大圍。毛文龍和侍從官員百餘名在圍內，將毛部兵丁都隔在圍外。袁崇煥問起毛文龍部下將官的姓名，竟然大多數姓毛。袁崇煥感覺奇特。毛文龍說：“他們都是我的義孫。”[92]

天啟七年正月，清兵征朝鮮，因為毛文龍不竭在火線騷擾，因而分兵去攻他所駐守的鐵山。毛文龍大敗，逃上了皮島。

袁崇煥和皇太極一番談判，使得皇太極主動撤除了帝號，本來是交際上的嚴峻勝利。但崇禎卻以為是和“叛徒”擅自媾和，有辱國體，心中極不對勁，當時對袁崇煥倚賴很重，啞忍不發，厥後卻終究成為殺他的首要罪行。

初四日，袁崇煥犒賞毛部兵將共三千五百七十五名，軍官每名銀子三五兩不等，兵每名數錢，又將帶來的餉銀十萬兩交卸。同時和毛分彆權柄，而後旅順以東由毛批示，旅順以西由袁批示。毛文龍收到大筆銀子，對批示權的區劃又非常對勁，減少了防備警戒。

袁崇煥決計要處理這件事。崇禎二年蒲月廿二日，袁崇煥離寧遠，去和毛文龍閒談，商定了在旅順四周的一個小島上相會，這小島叫做島山。[90]從寧遠經渤海到旅順，和從皮島經黃海到旅順，海程大抵相稱，以是旅順是一其中間地點，也可說是中登時帶。當時毛文龍對袁崇煥已心存疑忌，如邀他到寧遠相會，他是不肯來的。袁崇煥如去皮島，卻又是身入險地。