昱奉令出宮，頒示百官，當即迎奕入殿，纘承帝祚，頒詔大赦，奉葬哀帝於安平陵。哀帝崩時才二十五歲，在位隻閱四年。晉廷喪君立君，方繁忙的了不得，那燕兵竟趁機打擊洛陽，遂使懦夫喪軀，園陵再陷，河洛一帶，複為強虜統統了。言之慨然。

那陳祐自洛陽解纜，並未往許，竟奔趨新城。晉廷得報，即由會稽王昱，親赴赭圻，與大司馬桓溫議禦燕事。溫乃移鎮姑孰，表薦右將軍桓豁監督荊州揚州的義城，及雍州的京兆諸軍事，振威將軍桓衝，監督江州荊州的江夏的隨郡，及豫州的汝南西陽新蔡潁川諸郡軍事。豁與衝俱係溫弟，溫雖是舉不避親，究竟有陰布羽翼，廣拓聲望的意義。直誅其心。會聞哀帝大漸，會稽王昱倉促返都，及抵建康，哀帝已經升遐了。昱入見太後，與議嗣位事件。哀帝無子，隻好令哀帝弟奕，入承大統，當由太後褚氏命令道：

惟燕兵複屢寇晉境，燕撫軍將軍慕容厲寇兗州，連陷魯高平數郡。晉南陽督護趙億，舉宛城降燕。燕令南中郎將趙盤戍宛。越年初夏，燕鎮南將軍慕容塵，又寇晉竟陵，幸虧晉太守羅崇，應變有方，出兵擊退燕軍，又與荊州刺史桓豁，合兵攻宛，走趙億，逐趙盤，奪還宛城，崇還戍竟陵。豁追趙盤至雉城，複殺敗盤兵，且將盤活擒返來，燕人始稍稍奪氣，斂兵自固。並且燕室長城慕容恪，抱病垂死，不能視事，以是境外軍務，暫從擱置，不複進兵。

越年，哀帝寢疾，複請褚太後臨朝攝政，拜溫為揚州牧，使侍中顏旄，宣溫入朝參政。溫上表固辭，朝旨不準，再發使征溫。溫乃啟行至赭圻，不料來了尚書車灌，止溫入都，不過說是“秦燕內侵，仍須賴公外鎮”如此。想是慮他權重難製，故使中斷。溫不肯即還，便在赭圻築城，臨時駐節，遙領揚州牧。那哀帝因科學方士，好餌金石，乃至毒性沈痼，生就一種慢性症，一時不至遽死，亦不能複愈。拖延過了一年，已是興寧三年了，皇後王氏，卻得了暴病，驟致不起，因即棺殮治喪，追諡曰靖。上元令節，變作哀期，適