漢獻帝定都許縣後，以程昱為尚書。當時兗州尚未綏撫伏貼，因而又以程昱為東中郎將，領濟陰太守，都督兗州事。

建安十六年（211年），曹操征討韓遂、馬超時，曹丕留守，又使程昱參知軍事。等時田銀、蘇伯即是河間作反，曹丕遣將軍賈信征討。叛軍中有千餘人請降，朝中大臣皆以為應遵還是法，儘誅降軍，程昱卻說：“之前之以是要誅殺投降者，是因為當時勢勢動亂，天下大亂，攻打賊人時采納‘圍而後降者不赦’的目標，目標在於向彆的亂黨顯現不儘早投降的結果，讓統統仇敵都感到驚駭，未圍先降，那今後用兵便不需求動輒圍城。現在天下情勢大抵已經安寧，並且今次的戰事是產生在國土以內，這些都是不成氣候的賊眾，殺了他們也冇有能夠請願示懼的處所，落空了以往誅降的戰略意義。是以我以為這些降兵不成誅殺；即便要誅殺他們，也要先扣問曹公的定見。”但是當時的大臣都說：“軍事方麵我們能夠自行下決定，毋須事事向曹公啟奏啊！”程昱聞言後，不再作出迴應。

建安八年（203年），程昱糾合一夥山間公眾及逃亡之徒，得精兵數千人，因而引軍與曹操會師黎陽，討伐袁譚、袁尚。曹操使李典與程昱等以船運軍糧。會和魏郡太守高蕃將兵屯河上，斷絕水道，曹操對李典、程昱說：“若船不得過，下從陸道。”李典與諸將議曰：“蕃軍少甲而恃水，有懶惰之心，擊之必克。”程昱亦覺得然。遂北渡河破高蕃，水道得通。二袁破走後，程昱拜為奮武將軍，封安國亭侯。

曹操征徐州時，程昱與荀彧留守火線，阻呂布、陳宮雄師，保住三城，因功受封

為東平相，屯於範縣。曹操將漢獻帝遷往許都後，任命程昱為尚書，後又為東中郎將，領濟陰太守，都督兗州事件。討平袁譚、袁尚後，拜為奮武將軍，封安國亭侯。

程昱（yù）（141年—220年），字仲德，兗州東郡東阿（今山東東阿）人，東漢前期至三國期間曹魏謀士、名臣。本名程立，因夢中在泰山捧日，改名程昱。曾於東阿帶領公眾抗擊黃巾。初平三年（192年），被曹操征辟為壽張令，今後為其出謀獻策、交戰四方。

初平三年（192年），兗州刺史劉岱辟召程昱為用，程昱不該命出任。當時劉岱與袁紹、公孫瓚和親，袁紹令老婆居於劉岱處，公孫瓚亦遣處置範方帶兵助劉岱守地。厥後袁紹與公孫瓚反麵。公孫瓚擊破袁紹軍，因而遣使向劉岱說要收取袁紹的老婆，令劉岱遣上，並與袁紹斷交。公孫瓚又向範方命令：“若劉岱不遣上袁紹家小，便領兵返來。待我定了袁紹，就攻打劉岱。”劉岱連日不能決定，彆駕王彧向劉岱說：“程昱有策畫，能斷大事。”劉岱因而召見程昱問計，程昱說：“如果放棄袁紹這個近援而求於公孫瓚為遠助，這即是求人於越地以挽救受溺的兒童一樣。並且，公孫瓚亦非袁紹之敵，現在雖稍勝袁紹軍隊，但終究必為袁紹所擒。如果取其一朝一夕之勢而不思慮長遠的打算，將軍您必敗無疑。”劉岱服從其計。因而範方領其兵歸去，兵尚未至而公孫瓚已大為袁紹所破。劉岱表奏程昱為騎都尉，程昱卻以身疾請辭。