過了幾日，寧王朱權率諸王及群臣勸諫朱棣：“國不成一日無君，建文帝受奸人勾引葬身火海，二位嫡出皇子又下落不明。諸王當中，隻要燕王殿下春秋最長，聲望最高。請殿下為大明江山社稷著想，即位為帝。”朱棣故作推委：“本王奉天靖難，隻為斷根君側，待擒獲黃子澄、齊泰等奸臣，本王便出兵而還。”諸王及群臣又再勸諫：“請殿下為大明江山社稷著想，殿下為太祖高天子與孝慈高皇後嫡子，理應挽大明於危難。請殿下先即位再除奸臣。”寧王朱權及群臣苦苦勸進四天，朱棣終究承諾即位為帝，隨即派人到北平接來了燕王府中的親眷。

正在此時，朱能走上前來，“殿下，這不是皇後的燕居冠？”朱棣從朱妙手中拿過燕居冠，拂去冠上的灰燼，“可找到皇後的屍身？”朱能答道：“整座奉天殿就這一具屍身。”朱棣回身問袁忠：“皇後的燕居冠應在坤寧宮，而不該在奉天殿，看這屍身的是非，莫不是馬皇後？”袁忠抬開端來，凝睇著朱棣，說道：“四殿下何必如此？四殿下既然還記得昔日懿文太子各式庇護於你，現在又何必計算他的兒子身長幾尺？”“本王隻是想曉得允炆的下落罷了。”袁忠見朱棣還是不肯罷休，便問道：“四殿下起兵為何？若陛下還在，難不成四殿下清君側以後遵循組訓，出兵於營，朝天子而還？陛下駕崩既是成績四殿下的最好成果，四殿下還何必究查允炆那邊？”朱棣聽罷，沉默半晌，俄然對著屍身抽泣道：“傻小子，你何故如此。皇四叔來替你肅除奸佞，你卻被奸臣勾引，白白送了性命。”

朱棣打敗了徐輝祖，便帶兵倉促奔向奉天殿，待朱棣趕到奉天殿，便急令宮人、親兵救火。朱棣見袁忠坐在地上抽泣，便走上前去，“袁公公，允炆去了那裡？”袁忠起家給朱棣見禮，“好多光陰不見四殿下，不知四殿下可好？”“還好，袁公公身材也還安康？”袁忠點了點頭，“托四殿下的福，老奴也還好。光陰荏苒，昔日四殿下在禦花圃玩耍之景象真是彷彿昨日。”“是啊，記得二哥、三哥欺負本王與老五，都是袁公公偷偷找來大哥來護著我兄弟二人。”袁忠眼中泛著淚光，“老奴此生都周旋在殿下母子與太祖爺孫之間，既不能負了太祖，也不能負了碽妃。既要遵循太祖遺訓，又要保你兄弟無恙，老奴好生難堪。本日四殿下帶兵入宮，老奴心中五味雜陳，不知是喜是憂。”朱棣現在全然冇有一點心機聽袁忠說這些，隻是焦心腸扣問著：“袁公公，允炆去了那裡？”袁忠指著火還未滅的奉天殿，“陛下就在這火海當中。”朱棣看了看火還未滅的奉天殿，半信半疑地說道：“袁公公向來最為忠誠，從不扯謊。”“火滅以後，四殿下親看。”

駐守在龍江的朱棣，突見奉天殿方向起火，趕快率軍入宮，魏國公徐輝祖率軍抵當，徐輝祖不敵，敗下陣來。徐輝祖痛哭流涕：“太祖天子，江山就要易主了，臣故意抗燕，卻已有力迴天，臣對不起太祖天子。”徐輝祖哭罷，單獨一人去了父祠，直至朱棣即位為帝，徐輝祖都在父祠當中不肯出來謁拜朱棣，朱棣一怒之下將徐輝祖關押在了天牢，幸有令儀為本身的長兄討情，才令其返回私宅，得以善終。

聽到被誅十族的動靜，方孝孺的老婆鄭氏脾氣剛烈，不待燕軍來到府上，便與方孝孺的兩個兒子方中憲、方中愈自縊而亡，方孝孺的兩個女兒來到秦淮河邊，跳河他殺。方孝孺其他親人及門放門生共八百七十三人被押赴聚寶門。