關於宋應星之前各派對萬物本原及其竄改的分歧哲學論點及宋應星如何取諸家之長自成一說的詳細顛末，擬在本書第十一章會商其汗青職位時詳加申明，此處不再贅述。本章重點在批評他本人的天然哲學思惟。

宋應星接著轉向闡述生命天然界萬物的天生機製。他將生物分為植物與植物兩大類，而在生物由初級到初級的生長序列中，植物即草木之屬較為根基。他將植物按生長序列再分為蟲魚、飛禽、走獸，最後是“萬物之靈”的人。他以為植物是從植物演變並天生的，而植物又是從無機物演變與天生的，歸根到底是通過水火與土木互動感化而產生。他寫道：“氣從地下催騰一粒，種性小者為蓬，大者為蔽牛乾霄之木，此一粒本來多少？其他皆氣所化也。”（《形氣一》）就是說，氣在土中促使一粒種子發展。種性小的成為蓬草，種性大的成為參天大樹。這一粒種子本來有多少呢？其他都是由氣轉化而成。這裡的“氣”應瞭解為水火二氣及土氣或泥土。因為如前所述，他在《水火三》中指出：“至於木，生於地下（土）。善於空中，二氣（水火）附麗此中。”故木中含水火。也就是說，一粒植物種子很小，入土後之以是能生長為參天大樹，因為從土中不竭攝取水及礦物質、有機質養料。是以草木借水、土及火質（可燃的有機肥料）而生長。宋應星在《天工開物》中所述各種植物如稻、麥、麻、豆、桑、棉、葛、草本染料、油料植物、甘蔗、竹、構樹及各種樹木的蒔植，都是按照這一事理而停止的。他更詳細論述了將這些植物借水火及金木石的互動感化而製成植物油、糖、衣料、染料、紙張、車船等產品以及木器、榨油器、糖車、紡織機、各種耕具、蒸煮鍋等東西及平常用品。固然穀物蒔植首要靠水、土及金木，但冇有火氣共同也還不可，這裡火氣以日照的情勢表示出來。冇有陽光（陽氣、火氣）而陰雨（陰氣、水氣）綿綿，便會減產。至於穀物加工及食品製造，分開水火與金木也是不可的。因為五氣的互動感化，產生出各種百般的植物及其加工成品，像無機界萬物一樣，供民日用，也歸根到底由元氣→亦形亦氣→形這些物質層次而天生的。至此為止，天然界又增加了一大類什物。

在談到物質天下事物多樣性時，宋應星有一段哲學深思：“天覆地載，物數號萬，而事亦因之，曲成而不遺。豈人力也哉?”（《天工開物序》）粗心是說，六合之間，事物以萬計，通過各種竄改而構成完美無缺的天下，這恐怕不滿是人力所能辦到的。此話不假，地球上的生物物種現在估計約有200 萬種，在宋應禮拜間裡已知植物便有近萬種，還不包含無機界的礦物在內，此中絕大多數都是大天然以其固有規律而形成的。但人並不是悲觀等候天然界的恩德，還用人力天生數以萬計的物，由“天工”與“野生”共同形成了多樣性的大千天下。與此同時，我們明天還曉得構成這麼多天然物及人造物的根基物質成分即化學元素，隻要百種擺佈，並且像宋應星所說的，生物與無生物的根基物質成分是一樣的。而他的“形萬變而不窮”的哲學命題，現在可瞭解為有限元素原子以其萬變無窮的連絡體例構成物質天下的多樣性。當代物質構造實際還證明一元論物質觀是精確的，因為宇宙萬物終究都由原子構成。而原子又一分為二：帶正電荷的原子核及帶負電荷的電子。風趣的是，宋應星的元氣也一分為二：水（陰）氣及火（陽）氣。他的實際當然不能與當代實際同日而語，但在思惟體例與實際情勢上還得承認他與古人有某種暗合，隻不過當代物質佈局實際是建立在科學根本上的更初級生長形狀，然當代實際也是從初級階段慢慢演變到明天如許的。這證明瞭一條哲學規律：生長是反覆以往的階段，但是在更高根本上的反覆，生長是按螺旋式而不是按直線式停止的。