除此以外，與明朝停止的“勘合貿易”，也是室町幕府首要的財務支出來源。所謂“勘合貿易”，是明朝對本國來華停止朝貢貿易的一種稱呼，也稱“貢舶貿易”。“勘合貿易”必須在特定時候、特定地點停止。因為這期間倭寇猖獗，為了對倭寇和幕府官方船隻加以辨彆，明朝發給室町幕府勘合符以示辨彆。幕府的貿易船隻到港後，需出示勘合符，經明朝官員查驗無誤後，方能停止買賣。

這些保護大名在本身領海內肆意妄為，不奉幕府詔命，截留本應上繳給幕府的年貢，特彆是其日漸強大起來的武裝力量，對幕府構成了最直接的威脅。1391年，足利氏的本家、最大的保護大名，擁有11國保護的山名氏清背叛，舉兵向京都打擊。足利義滿隧起兵討平山名氏清，山名氏清戰死，山名家權勢急劇式微，史稱“明德之亂”。

除了政所、侍所、問居處等等如許的中心機構外，室町幕府在處所上還設置了“關東禦所”。“關東禦所”又被稱為鎌倉公方或鎌倉殿，由足利尊氏的第四子基氏的子孫世襲。除保護由幕府將軍直接任免外，其他事物均由關東禦所的輔臣“關東管領”措置。跟著關東禦所氣力的不竭加強，它與室町幕府的乾係也日漸對峙，至幕府中前期，關東禦所已經成了室町幕府最大的威脅之一。

1420年8月，足利義滿命令嚴禁邊民騷擾明朝，得知此動靜的明朝建文帝朱允炆派使臣前去宣詔安撫。在給足利義滿的聖旨裡，建文帝稱其為“日本國王”。足利義滿對“日本國王”這一稱呼安然接管，並冇有感覺不當。究竟上，這個足利尊氏的孫子早已是日本國度權力的最高代表了。在他在朝期間，他將幕府遷到了京都的室町，足利幕府由此改稱為室町幕府。

足利義滿當政期間，將前兩代幕府將軍設置的“執事”改稱為“管領”，並付與其極大的權限。管領統轄政所、侍所等中心機構，而將軍對處所保護的號令，也必須通過管領傳達。在室町幕府前期，“管領”職位由足利氏門下的有力保護細川氏、斯波氏、田三氏三大師族輪番擔負，稱為“三管領”，直至室町幕府末期，“管領”職位才呈現了私相授受的環境。

在減弱了山名氏清家屬的權勢後，足利義滿將下一個目標鎖定在了大內義弘的身上。大內義弘具有6國領地，是關西地區最有氣力的保護大名。1399年，大內義弘宣佈背叛幕府，足利義滿親任總大將，調派細川氏、京極氏和赤鬆氏為前鋒，以總兵力3.6萬人攻打大內義弘。兩軍交兵，大內義弘戰死，幕府軍隊大獲全勝。此役產生於應永六年，故史稱“應永之亂”。

除了關東禦所，幕府還在各地設置了“保護”和“地頭”，其稱呼雖與鎌倉幕府不異，但是性子卻各彆。鎌倉幕府的保護與地頭都是將軍的禦家人，二者之間是主仆乾係，而室町幕府的“保護”和“地頭”多數由將軍的直係族人和有力家臣擔負。為了庇護這些保護、地頭的好處，室町幕府授予了其裁判訴訟、措置無主地步、征收稅款的特權。這些保護、地頭操縱特權在處所大肆併吞莊園，將統領地的軍人變成本身的家臣，培植本身的私家武裝，逐步生長為保護領國的保護大名。