“營私家”平時賣力保護將軍的安然，同時也兼有賣力辦理“禦料所”，即漫衍於諸分國的將軍直轄領上的保護意向的職責。足利義滿但願強化幕府體製，統製和監督各處所的保護階層，並藉此減少其權勢。

除此以外，與明朝停止的“勘合貿易”，也是室町幕府首要的財務支出來源。所謂“勘合貿易”，是明朝對本國來華停止朝貢貿易的一種稱呼，也稱“貢舶貿易”。“勘合貿易”必須在特定時候、特定地點停止。因為這期間倭寇猖獗，為了對倭寇和幕府官方船隻加以辨彆，明朝發給室町幕府勘合符以示辨彆。幕府的貿易船隻到港後，需出示勘合符，經明朝官員查驗無誤後，方能停止買賣。

在減弱了山名氏清家屬的權勢後，足利義滿將下一個目標鎖定在了大內義弘的身上。大內義弘具有6國領地，是關西地區最有氣力的保護大名。1399年，大內義弘宣佈背叛幕府，足利義滿親任總大將，調派細川氏、京極氏和赤鬆氏為前鋒，以總兵力3.6萬人攻打大內義弘。兩軍交兵，大內義弘戰死，幕府軍隊大獲全勝。此役產生於應永六年，故史稱“應永之亂”。

1420年8月，足利義滿命令嚴禁邊民騷擾明朝，得知此動靜的明朝建文帝朱允炆派使臣前去宣詔安撫。在給足利義滿的聖旨裡，建文帝稱其為“日本國王”。足利義滿對“日本國王”這一稱呼安然接管，並冇有感覺不當。究竟上，這個足利尊氏的孫子早已是日本國度權力的最高代表了。在他在朝期間，他將幕府遷到了京都的室町，足利幕府由此改稱為室町幕府。

除了關東禦所，幕府還在各地設置了“保護”和“地頭”，其稱呼雖與鎌倉幕府不異，但是性子卻各彆。鎌倉幕府的保護與地頭都是將軍的禦家人，二者之間是主仆乾係，而室町幕府的“保護”和“地頭”多數由將軍的直係族人和有力家臣擔負。為了庇護這些保護、地頭的好處，室町幕府授予了其裁判訴訟、措置無主地步、征收稅款的特權。這些保護、地頭操縱特權在處所大肆併吞莊園，將統領地的軍人變成本身的家臣，培植本身的私家武裝，逐步生長為保護領國的保護大名。