孫元化師從徐光啟研討西學，正因為過分癡迷，以是在落第以後決然放棄了會試，滿身心投入西學的研討中，這就讓他成為了大明文人中的另類――除了西學，他同那些尋章摘句、遊戲筆墨的同僚們實在冇有甚麼共同說話，換句話說，他在學術上很孤傲。