明朝對林丹汗評價較低，稱他“幼年嗜酒色”[21]、“沉湎酒色”[15]、“嗜利好色，馭下冇法”。[31]另一方麵又說他是“虜中名王，尤稱桀驁”。[4]

後代降金

林丹汗逃亡青海，避禍熬程中部眾大量流失，1633年四月，兩翼大總官塔什海、虎魯克寨桑投降後金。六月，巴達西寨桑等5個頭子率千餘戶投降。同時又貧乏糧食，乃至到了“殺人易食”的境地。[27]1633年，林丹汗五次攻掠明邊，1634年，更是持續在3、4、蒲月出兵，閏八月乃至和洪承疇比武，都是為了獲得糧食。他在青海時，與漠北外喀爾喀的綽克圖台吉（卻圖汗）、西藏的藏巴汗、康區的白利土司月頓多吉締盟，因為他們都不信奉黃教，以是被稱為“反黃教聯盟”。[28]林丹汗試圖操縱這個聯盟東山複興。但是天不假年，就在1634年夏秋之際，林丹汗因天花死於青海大草灘，結束了叱吒風雲的平生。

近當代以來，林丹汗在蒙古的評價獲得極大竄改，以為他是一個誌在規覆成吉思汗霸業、將一盤散沙的蒙古複歸同一的豪傑之主，又果斷不向後金投降，顯現了蒙古民族的氣勢。如烏蘭夫稱他為“抵擋外族壓迫的豪傑”。[34]蒙前群眾共和國粹者則必定林丹汗“對滿洲的侵犯打算曾經表示果斷地反對”“詭計對於所屬各部實施強有力的集權，並且建立起一個在他節製下的同一獨立的蒙古”。[35]

1627年，林丹汗西遷，兼併右翼諸部（哈喇慎、土默特、鄂爾多斯、永謝布等），此中一個首要目標是獲得明朝給右翼諸部的“市賞”。明朝不給林丹汗，林丹汗乃出兵進犯大同，明朝不得不規複對林丹汗的犒賞。後金操縱林丹汗西遷之機，兼併了察哈爾本部，並於1632年大肆打擊林丹汗，林丹汗聞訊遠遁青海。他與明朝的乾係完整分裂，明朝乃至將林丹汗遺留的財物及部眾移交給後金。厥後林丹汗與西藏藏巴汗、康區白利土司月頓多吉和喀爾喀綽克圖台吉（卻圖汗）結成“反黃教聯盟”，詭計東山複興，但很快於1634年歸天。

率部來會。四月，科爾沁、紮魯特、巴林、奈曼、敖漢、喀喇沁（哈喇慎）、土默特、阿魯科爾沁、翁牛特、阿蘇特等部的台吉會於西拉木倫河岸，總兵力約10萬。此時，鑲黃旗兩個蒙前人偷馬逃出，將雄師壓境的動靜陳述給林丹汗。當時林丹汗駐帳於宣府邊外，傳聞後非常震驚，因而率眾西奔。皇太極分兵三路窮追林丹汗41天，蒲月下旬進駐歸化城，得知林丹汗已渡黃河而去。遂停止追擊，經宣府、張家口返回。途中收攏了林丹汗所遺部眾數萬人。[26]

中國粹者戴鴻義以為“林丹汗對內實施同一漠南各部、重樹宗主大汗的權威，對外實施聯明抗金，以挽救危局，極力保護北元政權和蒙古民族的好處，是比較合適實際的。但是，林丹汗孤負了北元群眾所寄於的希冀……林丹汗統轄的北元地區，以單一的遊牧經濟為根本，貧乏薄弱的氣力，冇有強大的物質力量做後盾，他更無堅固的大眾根本，‘諸部各自稱雄’‘傲然不睬’，在明與後金的打擊麵前，其統治地區內毫無任何的防備擺設，隻能實施悲觀的逃竄主義，‘君一怒而失國，眾一怒而破城’，對內對外政策的弊端，樹敵過量，必定使他的誌向未成而‘報恨畢生’”。[37]