右翼諸部公然不是林丹汗的敵手，林丹汗以秋風掃落葉之勢擊潰了駐牧於宣府外元上都故地的哈喇慎部和定居於歸化城的土默特部，很快在右翼安身。顛末數次戰役[20]，林丹汗在1628年底安定右翼地區，擯除了順義王卜失兔（土默特俺答汗之孫），並拔除了濟農額璘臣（濟農是達延汗所設置的代表大汗辦理右翼的世襲官職，駐鄂爾多斯，到林丹汗時已實際獨立），成果右翼諸部接踵歸附後金。另一方麵，留守於遼河套的察哈爾部也開端崩潰，不但奈曼、敖漢兩鄂托克投奔後金，阿喇克卓特也步厥後塵而降金，浩齊特、烏珠穆沁、蘇尼特三鄂托克則北上投奔漠北外喀爾喀碩壘台吉（厥後的車臣汗）處。1628年仲春，皇太極一征察哈爾，到玄月時兼併了察哈爾及哈喇慎之故地。林丹汗僅占有宣府邊外以西的河套和土默川一帶。

除此以外，林丹汗還操縱“圖們*”束縛諸部（即《圖們汗法典》）。任命永謝布部的卻熱斯塔布囊為大汗的代表，辦理右翼三萬戶蒙古諸部，任命內喀爾喀炒花（烏濟葉特）部的錫爾呼納克洪台吉幫助大汗辦理右翼蒙古諸部，1617年在巴林境內的阿巴嘎哈喇山建察漢浩特（今內蒙古赤峰市阿魯科爾沁旗）作為政治中間，令諸部首級到此朝覲、進貢與議事。

在科爾沁部已投入後金陣營、內喀爾喀五部毀滅的環境下，皇太極開端向林丹汗的察哈爾部滲入。察哈爾部的八個鄂托克中，奈曼和敖漢夾在林丹汗和皇太極權勢之間，他們為減緩二者間的對峙乾係，甘心充當補救者角色，因而在1627年初派綽爾濟喇嘛去瀋陽與皇太極媾和。皇太極不但表示兩鄂托克歸順後金，還要求直接與林丹汗通使。林丹汗曉得了本身的兩個鄂托克通款後金的究竟後，不但冇有瞭解他們的良苦用心，反而討伐奈曼、敖漢，奈曼、敖漢不堪林丹汗的壓力，於1627年六月叛變林丹汗，歸附後金，並與皇太極訂立盟誓。[17]

林丹汗逃亡青海，避禍熬程中部眾大量流失，1633年四月，兩翼大總官塔什海、虎魯克寨桑投降後金。六月，巴達西寨桑等5個頭子率千餘戶投降。同時又貧乏糧食，乃至到了“殺人易食”的境地。[27]1633年，林丹汗五次攻掠明邊，1634年，更是持續在3、4、蒲月出兵，閏八月乃至和洪承疇比武，都是為了獲得糧食。他在青海時，與漠北外喀爾喀的綽克圖台吉（卻圖汗）、西藏的藏巴汗、康區的白利土司月頓多吉締盟，因為他們都不信奉黃教，以是被稱為“反黃教聯盟”。[28]林丹汗試圖操縱這個聯盟東山複興。但是天不假年，就在1634年夏秋之際，林丹汗因天花死於青海大草灘，結束了叱吒風雲的平生。