在科爾沁部已投入後金陣營、內喀爾喀五部毀滅的環境下，皇太極開端向林丹汗的察哈爾部滲入。察哈爾部的八個鄂托克中，奈曼和敖漢夾在林丹汗和皇太極權勢之間，他們為減緩二者間的對峙乾係，甘心充當補救者角色，因而在1627年初派綽爾濟喇嘛去瀋陽與皇太極媾和。皇太極不但表示兩鄂托克歸順後金，還要求直接與林丹汗通使。林丹汗曉得了本身的兩個鄂托克通款後金的究竟後，不但冇有瞭解他們的良苦用心，反而討伐奈曼、敖漢，奈曼、敖漢不堪林丹汗的壓力，於1627年六月叛變林丹汗，歸附後金，並與皇太極訂立盟誓。[17]

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敗亡青海

林丹汗在1612年與1615年攻打明朝，試圖獲得與明朝的貿易權，終究在1617年如願以償。1618年，後金侵明，林丹汗為了獲得明朝的賞銀，推行“聯明抗金”的交際目標，並在1619年給□□哈赤寫了一封言辭傲慢的國書，導致與後金反目。不過，林丹汗與明朝締盟並未擋住後金對遼東的吞噬，1622年明朝在廣寧之戰得勝，林丹汗的救兵冇起感化，而後二者間的聯盟冷卻下來。林丹汗也開端實施攘外必先安內（“先處裡，後處外”）的政策，開端火併科爾沁、內喀爾喀諸部，並且製止與後金正麵比武。以是林丹汗從未親身與後金作戰過。

皇太極看準這個機遇，決定策動對林丹汗的決鬥，完整征服漠南蒙古。1631年四月，皇太極就已經籌辦討伐林丹汗，在科爾沁部的勸說下推遲。1632年三月，皇太極第二次遠征察哈爾林丹汗，傳令歸順後金的蒙古各部速率部來會。四月，科爾沁、紮魯特、巴林、奈曼、敖漢、喀喇沁（哈喇慎）、土默特、阿魯科爾沁、翁牛特、阿蘇特等部的台吉會於西拉木倫河岸，總兵力約10萬。此時，鑲黃旗兩個蒙前人偷馬逃出，將雄師壓境的動靜陳述給林丹汗。當時林丹汗駐帳於宣府邊外，傳聞後非常震驚，因而率眾西奔。皇太極分兵三路窮追林丹汗41天，蒲月下旬進駐歸化城，得知林丹汗已渡黃河而去。遂停止追擊，經宣府、張家口返回。途中收攏了林丹汗所遺部眾數萬人。[26]

右翼諸部公然不是林丹汗的敵手，林丹汗以秋風掃落葉之勢擊潰了駐牧於宣府外元上都故地的哈喇慎部和定居於歸化城的土默特部，很快在右翼安身。顛末數次戰役[20]，林丹汗在1628年底安定右翼地區，擯除了順義王卜失兔（土默特俺答汗之孫），並拔除了濟農額璘臣（濟農是達延汗所設置的代表大汗辦理右翼的世襲官職，駐鄂爾多斯，到林丹汗時已實際獨立），成果右翼諸部接踵歸附後金。另一方麵，留守於遼河套的察哈爾部也開端崩潰，不但奈曼、敖漢兩鄂托克投奔後金，阿喇克卓特也步厥後塵而降金，浩齊特、烏珠穆沁、蘇尼特三鄂托克則北上投奔漠北外喀爾喀碩壘台吉（厥後的車臣汗）處。1628年仲春，皇太極一征察哈爾，到玄月時兼併了察哈爾及哈喇慎之故地。林丹汗僅占有宣府邊外以西的河套和土默川一帶。

厥後，清朝統治者將察哈爾部安設於義州，分設擺佈翼察哈爾八旗，封額哲為親王，並將皇女馬喀塔格格嫁給他。康熙年間，林丹汗的孫子布爾尼舉兵反清，旋即失利，後嗣斷絕。