同年蒲月，袁崇煥以閱兵為由去見毛文龍，毛文龍設席與袁崇煥喝酒，倆人常常喝到半夜，毛文龍冇有發覺到袁崇煥的來意。袁崇煥發起變動虎帳軌製，設置監察官員，毛文龍對此建議感到不歡暢，袁崇煥用回籍來打動他，毛文龍說：“我向來有這個意義，但隻要我曉得遼東的事件，遼東的事情處理後，朝鮮衰弱，能夠攻擊占有。”袁崇煥對毛文龍的答覆感到不歡暢。[30]

但不久以後，遵化、三屯營都被後金軍攻破，趙率教也在遵化戰役中中流矢陣亡，[35]巡撫王元雅、總兵朱國彥他殺而死。後金軍超出薊州往西，直逼都城，袁崇煥忙率兵保護京師。朱由檢召見袁崇煥，犒賞禦用酒菜及貂裘慰勞袁崇煥，袁崇煥以兵馬長途馳驅，怠倦不已，要求入城休整，但遭到回絕。因而袁崇煥駐軍城外，與後金軍鏖戰，互有勝負。[36]袁崇煥令戴承恩在廣渠門佈陣，祖大壽於南麵佈陣，王承胤在西北佈陣，袁崇煥在西麵佈陣以備戰，中午時候，清馬隊從東南麵打擊，祖大壽率兵奮力接戰，而王承胤卻拔陣向南避戰。後金兵力戰祖大壽不下，因而撤退，明將劉應國、羅景榮等人率兵停止追擊，殺傷後金軍千餘人，而明軍死傷也很多。出兵後，朱由檢用酒食犒賞軍隊。[37]袁崇煥有調派任守忠帶領五百人用火炮轟打金營，後金軍撤退，京都之威遂解。[38]

袁崇煥殺了毛文龍以後，驚駭他的部下叛變，因而增加他們的餉銀，但是島上的人冇有主帥，民氣背叛，難以利用，而後會導致叛離。袁崇煥上書給明廷：“東江鎮是管束仇敵所必須依托的。現肯定兩協的體例，馬軍十營，步軍五營，每年餉銀四十二萬，米十三萬六千。”天子朱由檢對兵員減少軍餉卻增加的事感情應疑慮，但是一看是袁崇煥奏請的，也就承諾了他。[33]

後金軍從寧遠撤退後增加錦州的守勢，但仍舊冇法霸占，並且傷亡慘痛，六月，後金軍撤兵，史稱“寧錦大捷”。而後金軍撤兵時順道破壞大小淩河二城。[24]

但後金軍退兵後，袁崇煥卻被定罪。當初後金軍進入的關隘是屬於薊遼總理劉策所統領，而袁崇煥得知後金軍入關，直逼都城，因而千裡迢迢趕來救濟，自以為有功無罪，但是朝中大臣卻有很多人以為是袁崇煥放清兵入關，因而紛繁誹謗袁崇煥與後金軍有勾搭，朱由檢對此也很思疑。此時後金軍也設想誹謗，說袁崇煥與後金軍有奧妙商定。十仲春，朱由檢將袁崇煥下獄。[39]

袁崇煥驚駭本身去往邊關今後，朝廷中不免有人會再次誹謗本身，因而將此事奉告朱由檢，朱由檢在大學士劉鴻訓等人的建議下，收回王之臣、滿桂的尚方寶劍，將其賜給袁崇煥。鑒於此前熊廷弼、孫承宗都因為遭到架空讒諂，使本身的誌願難以伸展，袁崇煥因而又上書說：“規複遼地的戰略，不過乎臣往年所提出的以遼人守遼土，以遼土養遼人，戍守是正規的戰略，攻戰是變通的戰略，和議是幫助戰略的說法。法律在循序漸進而不在突變大進，在尋務實效而不在妄圖浮名。這是臣與諸邊防官員所能做到的。至於挑選用人的入，與被人用的人，都是皇上把握此中的關頭。怎麽才氣用人而不三心二意，信賴而不思疑？因為把握邊防大臣與朝廷大臣分歧，軍中可驚可疑的事特彆多，隻該當議論成敗的大局，不必摘取一言一行的藐小不對。事情的任務既然嚴峻，招致痛恨實在多。各種無益於邊陲的事情，都是倒黴於本身的。何況謀取仇敵急，仇敵亦從而誹謗，是以作邊陲的大臣很難。陛下珍惜臣體味臣，臣何必過於疑慮驚駭，但心中有所危懼，不敢不奉告。”朱由檢發優詔答覆袁崇煥，並犒賞蟒袍玉帶、銀幣，但袁崇煥上疏推不接管辭蟒袍玉帶。[27]