但不久以後，遵化、三屯營都被後金軍攻破，趙率教也在遵化戰役中中流矢陣亡，[35]巡撫王元雅、總兵朱國彥他殺而死。後金軍超出薊州往西，直逼都城，袁崇煥忙率兵保護京師。朱由檢召見袁崇煥，犒賞禦用酒菜及貂裘慰勞袁崇煥，袁崇煥以兵馬長途馳驅，怠倦不已，要求入城休整，但遭到回絕。因而袁崇煥駐軍城外，與後金軍鏖戰，互有勝負。[36]袁崇煥令戴承恩在廣渠門佈陣，祖大壽於南麵佈陣，王承胤在西北佈陣，袁崇煥在西麵佈陣以備戰，中午時候，清馬隊從東南麵打擊，祖大壽率兵奮力接戰，而王承胤卻拔陣向南避戰。後金兵力戰祖大壽不下，因而撤退，明將劉應國、羅景榮等人率兵停止追擊，殺傷後金軍千餘人，而明軍死傷也很多。出兵後，朱由檢用酒食犒賞軍隊。[37]袁崇煥有調派任守忠帶領五百人用火炮轟打金營，後金軍撤退，京都之威遂解。[38]

袁崇煥接著說幾件毛文龍違法做的事，毛文龍與其辯論，袁崇煥厲聲斥責毛文龍，命令將毛文龍的冠服去除並捆綁起來，毛文龍表示不平，袁崇煥因而列數毛文龍的十二條罪行，拿出尚方寶劍，將毛文龍斬殺。[32]

同年蒲月，袁崇煥以閱兵為由去見毛文龍，毛文龍設席與袁崇煥喝酒，倆人常常喝到半夜，毛文龍冇有發覺到袁崇煥的來意。袁崇煥發起變動虎帳軌製，設置監察官員，毛文龍對此建議感到不歡暢，袁崇煥用回籍來打動他，毛文龍說：“我向來有這個意義，但隻要我曉得遼東的事件，遼東的事情處理後，朝鮮衰弱，能夠攻擊占有。”袁崇煥對毛文龍的答覆感到不歡暢。[30]

崇禎二年（1629年）十一月，後金主皇太極舉兵數十萬彆離進入龍井關、大安口，袁崇煥聽聞後帶領祖大壽、何可剛入關保衛，所顛末的薊州、撫寧、永平、遷安、豐潤、玉田各城，都分兵留守。天子朱由檢得知後非常歡暢，命令嘉獎袁崇煥的部下，並讓袁崇煥統領批示各地救兵。[34]

尤世祿剛要整備解纜，後金軍又分兵來攻寧遠，袁崇煥與劉應坤、畢自肅率將士登上城樓戍守，在濠溝內排佈陣營，用炮遠間隔轟擊。而滿桂、尤世祿、祖大壽在城外與後金軍搏戰，死傷比較多，滿桂也中箭負傷。[23]

但後金軍退兵後，袁崇煥卻被定罪。當初後金軍進入的關隘是屬於薊遼總理劉策所統領，而袁崇煥得知後金軍入關，直逼都城，因而千裡迢迢趕來救濟，自以為有功無罪，但是朝中大臣卻有很多人以為是袁崇煥放清兵入關，因而紛繁誹謗袁崇煥與後金軍有勾搭，朱由檢對此也很思疑。此時後金軍也設想誹謗，說袁崇煥與後金軍有奧妙商定。十仲春，朱由檢將袁崇煥下獄。[39]

崇禎二年（1629年），袁崇煥以東江毛文龍固然能管束後金軍，但毛文龍破鈔的賦稅實在太大，袁崇煥上書要求讓朝廷派人來辦理毛文龍部的軍餉，毛文龍不喜好有文官監製著本身，因而上書辯論。而後毛文龍前來拜見袁崇煥，袁崇煥以上賓之禮歡迎毛文龍，毛文龍也不謙讓，袁崇煥因而決定殺掉毛文龍。[29]

重新見用

己巳之變

而後袁崇煥聘請毛文龍旁觀將士射箭，預先在山上設置好帳篷，令參將謝尚政等率兵埋伏在帳外。毛文龍到了以後，他的部下冇能入內。袁崇煥說：“我淩晨就走，你擔負外洋的重托，請受我一拜。”毛文龍回拜以後倆人開端登山。路上袁崇煥問侍從官員的姓名，大多都是姓毛的。毛文龍說：“這些都是我的孫子。”袁崇煥笑著說：“你們在外洋悠長勞累，每月祿米隻要一斛，說來痛心，也受我一拜，請為國度極力。”世人都叩首伸謝。[31]