同年蒲月，袁崇煥以閱兵為由去見毛文龍，毛文龍設席與袁崇煥喝酒，倆人常常喝到半夜，毛文龍冇有發覺到袁崇煥的來意。袁崇煥發起變動虎帳軌製，設置監察官員，毛文龍對此建議感到不歡暢，袁崇煥用回籍來打動他，毛文龍說：“我向來有這個意義，但隻要我曉得遼東的事件，遼東的事情處理後，朝鮮衰弱，能夠攻擊占有。”袁崇煥對毛文龍的答覆感到不歡暢。[30]

袁崇煥的事蹟、批評幾百年來一向爭辯不休，正如孟森在《明本兵梁廷棟請斬袁崇煥原疏附跋》中提及，明末期間汗青記錄非常混亂，即便是與其耳目相乾的人，其恩仇糾葛也特彆龐大。此中，首要爭議的集合點是袁崇煥殺死毛文龍、是否叛變明朝當局等。

袁崇煥殺了毛文龍以後，驚駭他的部下叛變，因而增加他們的餉銀，但是島上的人冇有主帥，民氣背叛，難以利用，而後會導致叛離。袁崇煥上書給明廷：“東江鎮是管束仇敵所必須依托的。現肯定兩協的體例，馬軍十營，步軍五營，每年餉銀四十二萬，米十三萬六千。”天子朱由檢對兵員減少軍餉卻增加的事感情應疑慮，但是一看是袁崇煥奏請的，也就承諾了他。[33]

袁崇煥因為行事風格的題目，曾經讓正視他的孫承宗大為大怒，[65]擒殺毛文龍也是袁崇煥私行主張。他的同事王在晉以為袁崇煥固然死於國法，但是他的功績不成淹冇，[66]但同時，他也以為袁崇煥的死是自取滅亡。[67]

而後袁崇煥聘請毛文龍旁觀將士射箭，預先在山上設置好帳篷，令參將謝尚政等率兵埋伏在帳外。毛文龍到了以後，他的部下冇能入內。袁崇煥說：“我淩晨就走，你擔負外洋的重托，請受我一拜。”毛文龍回拜以後倆人開端登山。路上袁崇煥問侍從官員的姓名，大多都是姓毛的。毛文龍說：“這些都是我的孫子。”袁崇煥笑著說：“你們在外洋悠長勞累，每月祿米隻要一斛，說來痛心，也受我一拜，請為國度極力。”世人都叩首伸謝。[31]

崇禎二年（1629年），駐守寧遠的來自於川、湖等地的兵士因為軍餉的事而叛變，袁崇煥用計將其安定。而後袁崇煥要求將寧遠、錦州合為一鎮，讓祖大壽鎮守錦州，何可剛替代朱梅駐寧遠，趙率教守關門，袁崇煥自駐寧遠，同時上書給朱由檢死力獎飾祖大壽等三人的才氣，並說本身五年複遼的打算端賴這三人來實現，如果五年後冇有實現，他將親手將這三人斬殺，本身到司法部分領罪服死。朱由檢加封袁崇煥為太子太保，並賜給蟒衣銀幣。[28]

己巳之變

重新見用

袁崇煥驚駭本身去往邊關今後，朝廷中不免有人會再次誹謗本身，因而將此事奉告朱由檢，朱由檢在大學士劉鴻訓等人的建議下，收回王之臣、滿桂的尚方寶劍，將其賜給袁崇煥。鑒於此前熊廷弼、孫承宗都因為遭到架空讒諂，使本身的誌願難以伸展，袁崇煥因而又上書說：“規複遼地的戰略，不過乎臣往年所提出的以遼人守遼土，以遼土養遼人，戍守是正規的戰略，攻戰是變通的戰略，和議是幫助戰略的說法。法律在循序漸進而不在突變大進，在尋務實效而不在妄圖浮名。這是臣與諸邊防官員所能做到的。至於挑選用人的入，與被人用的人，都是皇上把握此中的關頭。怎麽才氣用人而不三心二意，信賴而不思疑？因為把握邊防大臣與朝廷大臣分歧，軍中可驚可疑的事特彆多，隻該當議論成敗的大局，不必摘取一言一行的藐小不對。事情的任務既然嚴峻，招致痛恨實在多。各種無益於邊陲的事情，都是倒黴於本身的。何況謀取仇敵急，仇敵亦從而誹謗，是以作邊陲的大臣很難。陛下珍惜臣體味臣，臣何必過於疑慮驚駭，但心中有所危懼，不敢不奉告。”朱由檢發優詔答覆袁崇煥，並犒賞蟒袍玉帶、銀幣，但袁崇煥上疏推不接管辭蟒袍玉帶。[27]