夏，四月，己醜，武陵王遵入居東宮，表裡畢敬；遷除百官稱製書，教稱令書。以司馬休之監荊、益、梁、寧、秦、雍六州諸軍事、領荊州刺史。

桓玄兄子歆引氐帥楊秋寇曆陽，魏詠之帥諸葛長民、劉敬宣、劉鐘共擊破之，斬楊秋於練固。

南涼王傉檀畏秦之強，乃客歲號，罷尚書丞郎官，遣參軍關尚使於秦。秦王興曰：“車騎獻款稱藩，而擅發兵造大城，豈為臣之道乎？”尚曰：“王公設險以守其國，先王之製也。車騎僻在遐藩，密邇勍寇，蓋為國度重門之防，不圖陛下忽覺得嫌。”興善之。傉檀求領涼州，興不準。

蕭方等曰：夫蛟龍暗藏，魚蝦褻之。是以漢高赦雍齒，魏武免梁鵠，安能夠布衣之嫌而成萬乘之隙也！今王謐為公，刁逵亡族，醻恩抱怨，何其狹哉！

桓玄至尋陽，郭昶之給其器用、兵力。辛未，玄逼帝西上，劉毅帥何無忌、劉道規等諸軍追之。玄留龍驤將軍何澹之、前將軍郭銓與郭昶之守湓口。玄於道自作《起居注》，敘討劉裕事，自謂經略舉無遺策，諸軍違節度，乃至奔敗。專沉思著作，不暇與群下議時勢。《起居注》既成，宣示遠近。

玄時雖遣軍拒裕，而走意已決，潛使領軍將軍殷仲文具舟於石頭；聞謙等敗，帥親信數千人，聲言赴戰，遂將其子昻，兄子浚出南掖門。遇前相國參軍胡藩，執馬鞚諫曰：“今羽林弓手猶有八百，皆是義戰，西人受累世之恩，不驅令一戰，一旦舍此，欲安之乎！”玄不對，但舉策指天，因鞭馬而走，西趨石頭，與仲文等浮江南走。經日不食，擺佈進粗飯，玄咽不能下，昻抱其胸而撫之，玄悲不自勝。

玄移還上宮，召侍官皆入止省中；加揚州刺史新安王桓謙征討都督，以殷仲文代桓修為徐、兗二州刺史。謙等請亟遣兵擊裕，玄曰：“彼兵銳甚，計出萬死，如有蹉跌，則彼氣成而吾事去矣；不如屯大眾於覆舟山以待之。彼空行二百裡，無所得，銳氣已挫，忽見雄師，必驚詫；我按兵堅陣，勿與比武，彼求戰不得，天然散走，此策之上也。”謙等固請擊之，乃遣頓丘太守吳甫之、右衛將軍皇甫敷接踵北上。玄恐憂特甚。或謂：“裕等烏合微小，必將無成，陛下何慮之深！”玄曰：“劉裕足為一世之雄，劉毅家無擔石之儲，樗蒲一擲百萬，何無忌酷似其舅；共舉大事，何謂無成！”

裕入建康，王仲德抱元德子方回出候裕，裕於頓時抱方回與仲德對哭。追贈元德給事中，以仲德為中軍參軍。裕止桓謙故營，遣劉鐘據東府。庚申，裕屯石頭城，立留台百官，焚桓溫神主於宣陽門外，造晉新主，納於太廟。遣諸將追玄，尚書王嘏帥百官奉迎乘輿，誅玄宗族在建康者。裕使臧熹入宮，收圖書、器物，封閉府庫；有金飾樂器，裕問熹：“卿得無慾此乎？”熹正色曰：“皇上幽逼，播越非所，將軍首建大義，劬勞王家，雖複不肖，實無情於樂。”裕笑曰：“聊以戲卿耳。”熹，燾之弟也。