初，裕名微位薄，輕狡無行，盛流皆不與相知，惟王謐獨奇貴之，謂裕曰：“卿當為一代豪傑。”裕嘗與刁逵樗蒲，不時輸直，逵縛之馬枊。謐見之，責逵而釋之，代之還直。由是裕深憾逵而德謐。

南燕主備德聞桓玄敗，命北地王鐘等將兵欲取江南，會備德有疾而止。

丙戌，劉裕稱受帝密詔，以武陵王遵承製總百官行事，加侍中、大將軍，因大赦，惟桓玄一族不宥。

裕入建康，王仲德抱元德子方回出候裕，裕於頓時抱方回與仲德對哭。追贈元德給事中，以仲德為中軍參軍。裕止桓謙故營，遣劉鐘據東府。庚申，裕屯石頭城，立留台百官，焚桓溫神主於宣陽門外，造晉新主，納於太廟。遣諸將追玄，尚書王嘏帥百官奉迎乘輿，誅玄宗族在建康者。裕使臧熹入宮，收圖書、器物，封閉府庫；有金飾樂器，裕問熹：“卿得無慾此乎？”熹正色曰：“皇上幽逼，播越非所，將軍首建大義，劬勞王家，雖複不肖，實無情於樂。”裕笑曰：“聊以戲卿耳。”熹，燾之弟也。

魏以中土冷落，詔縣戶不滿百者罷之。

初，諸葛長民至豫州，負約，不得發。刁逵執長民，檻車送桓玄。至當利而玄敗，送人共破檻出長民，還趣曆陽。逵棄城走，為其下所執，斬於石頭，子侄無少長皆死，唯赦其季弟給事中騁。逵故吏匿其弟子雍送洛陽，秦王興覺得太子中庶子。裕以魏詠之為豫州刺史，鎮曆陽，諸葛長民為宣城內史。

裕始至建康，諸大處罰皆委於劉穆之，匆促立定，無不允愜。裕遂托以腹心，動止谘焉；穆之亦竭節儘誠，無所遣隱。時晉政寬馳，法紀不立，豪族陵縱，小民窮蹙，重以司馬元顯政令違舛。桓玄雖欲厘整，而科條繁密，眾莫之從。穆之考慮時宜，隨方改正；裕以身範物，先以威禁；表裡百官皆寂然奉職，不盈旬日，民風頓改。

壬戌，玄司徒王謐與眾議推裕領揚州，裕固辭，乃以謐為侍中、領司徒、揚州刺史、錄尚書事，謐推裕為使持節、都督揚、徐、兗、豫、青、冀、幽、並八州諸軍事、徐州刺史，劉毅為青州刺史，何無忌為琅邪內史，孟昶為丹陽尹，劉道規為義昌太守。

初，袁真殺朱憲，憲弟綽逃奔桓溫。溫克壽陽，綽輒發真棺，戮其屍。溫怒，將殺之，桓衝請而免之。綽事衝如父，衝薨，綽嘔血而卒。劉裕克京口，以綽子齡石為建武參軍。三月，戊午朔，裕軍與吳甫之遇於江乘。將戰，齡石言於裕曰：“齡石世受桓氏厚恩，不欲以兵刃相向，乞在軍後。”裕義而許之。甫之，玄驍將也，其兵甚銳。裕手執長刀，大喊以衝之，眾皆披靡，即斬甫之，進至羅落橋。皇甫敷帥數千人逆戰，寧遠將軍檀賃之敗死。裕進戰彌厲，敷圍之數重，裕倚大樹挺戰。敷曰：“汝欲作何死！”拔戟將刺之，裕橫眉叱之，敷辟易。裕黨俄至，射敷中額而踣，裕援刀直進。敷曰：“君有天命，以子孫為托。”裕斬之，厚撫其孤。裕以檀憑之所領兵配參軍檀祗。祗，憑之之從子也。

劉敬宣、高雅之結青州大姓及鮮卑豪帥，行刺南燕主備德，推司馬休之為主。備德以劉軌為司空，甚寵任之。雅之慾邀軌同謀，敬宣曰：“劉公朽邁，有安齊之誌，不成告也。”雅之卒告之，軌不從。謀頗泄，敬宣等南走，南燕人收軌，殺之，追及雅之，又殺之。敬宣、休之至淮、泗間，聞桓玄敗，遂來歸，劉裕以敬宣為晉陵太守。