義熙元年乙巳，公元四零五年春，正月，南陽太守扶風魯宗之起兵襲襄陽，桓蔚走江陵。己醜，劉毅等諸軍至馬頭。桓振挾帝出屯江津，遣使求割江、荊二州，饋送天子；毅等不準。辛卯，宗之擊破振將溫楷於柞溪，進屯紀南。振留桓謙、馮該守江陵，引兵與宗之戰，大破之。劉毅等擊破馮該於豫章口，桓謙棄城走。毅等入江陵，執卞範之等，斬之。桓振還，瞥見火起，知城已陷，其眾皆潰，振逃於溳川。

乞伏乾歸伐仇池，為楊盛所敗。西涼公暠與長史張邈謀徙都酒泉，以逼沮渠蒙遜；以張體頂為建康太守，鎮樂涫，以宋繇為敦煌護軍，與其子敦煌太守讓鎮敦煌，遂遷於酒泉。

初，南燕主備德仕秦為張掖太守，其兄納與母公孫氏居於張掖，備德之從秦王堅寇淮南也，留金刀與其母彆。備德與燕王垂舉兵於山東，張掖太守苻昌收納及備德諸子，皆誅之，公孫氏以老獲免，納妻段氏方娠，未決。獄掾呼延平，備德之故吏也，竊以公孫氏及段氏逃於羌中。段氏生子超，十歲而孫氏病，臨卒，以金刀授超曰：“汝得東歸，當經此刀還汝叔也。”呼延平又以超母子奔涼。及呂隆降秦，超隨涼州民徙長安。平卒，段氏為超娶女為婦。

戊戌，大赦，改元，惟桓氏不原；以桓衝忠於王室，特宥其孫胤。以魯宗之為雍州刺史，毛璩為征西將軍、都督益、梁、秦、涼五州諸軍事、璩弟瑾為梁、秦二州刺史，瑗為寧州刺史。劉懷肅追斬馮該於石城，桓謙、桓怡、桓蔚、桓謐、何澹之、溫楷皆奔秦。怡，弘之弟也。

盧循遣使進獻。時朝廷新定，未暇征討；壬申，以循為廣州刺史，徐道覆為始興相。循遺劉裕智粽，裕報以續命湯。循之前琅邪內史王誕為平南長史。誕說循曰：“誕本非戎旅，在此無用；素為劉鎮軍所厚，若得北歸，必蒙寄任，公私際會，仰答厚恩。”循甚然之。劉裕與循書，令遣吳隱之還，循不從。誕複說循曰：“將軍今留吳公，公私非計。孫伯符豈不欲留華子魚邪？但以一境不容二君耳。”因而循遣隱之與誕俱還。

義熙二年丙午，公元四零六年春，正月，甲申，魏主傉如豺山宮。諸州置三刺史，郡置三太守，縣置三令長；刺史、令長各之州縣，太守雖置而未臨民，功臣為州者皆征還京師，以爵歸第。

南燕主超猜虐日甚，政出權幸，盤於遊畋，封畋、韓訁卓屢諫不聽。超嘗臨軒問孚曰：“朕可方宿世何主？”對曰：“桀、紂。”超慚怒，孚徐步而出，不為改容。鞠仲謂孚曰：“與天子言，何得如是！宜還謝。”孚曰：“行年七十，惟求死所耳！”竟不謝。超以當時望，優容之。

魏詠之卒，江陵令羅修謀舉兵襲江陵，奉王慧龍為主。劉裕以幷州刺史劉道規為都督荊、寧等六州諸軍事、荊州刺史。修不果發，奉慧龍奔秦。

秦隴西公碩德伐仇池，屢破楊盛兵；將軍斂俱攻漢中，拔成固，徙流民三千餘家於關中。秋，七月，楊盛請降於秦。秦以盛為都督益、寧二州諸軍事、征南大將軍、益州牧。

八月，燕遼西太守邵顏有罪，逃亡為盜；玄月，中常侍郭仲討斬之。

晉紀三十六（起旃蒙大荒落，儘著雍涒灘，凡四年）