建安十三年(公元208年),曹操斥地玄武池練習水軍。六月,曹操廢三公,規複丞相軌製,自任漢朝丞相。曹操根基安定北方後,兵鋒轉而南向。七月,進軍南征荊州牧劉表。八月,劉表病死,其子劉琮接任。玄月,曹操雄師進至新野,劉琮覺得冇法抵擋,舉荊州之眾投降曹操。
建安十五年(公元210年)春,曹操下《求賢令》,提出不拘操行、唯纔是舉的用人目標,目標是儘量把人才采集到本身身邊。同年冬,修建銅雀台。[]
袁尚等人逃奔盤據平州的公孫康。這時,有人勸曹操乘勢進擊公孫康,曹操說:“吾方使康斬送尚、熙首,不煩兵也。”遂率軍還師。不久,公孫康公然斬殺袁尚、袁熙,並將其首級獻與曹操。諸將不明以是,曹操說:“彼素畏尚等,吾急之則併力,緩之則自相圖,其勢然也。”因而,曹操攻破三郡烏桓,也完整清除了袁氏權勢。[]
建安九年(公元204年)正月,曹操率兵度過黃河,截斷淇水,引入白溝,作為運糧的通道。仲春,袁尚再次出兵攻打袁譚,曹操趁機進軍鄴城。當時蘇由、審配鎮守鄴城,曹操進軍到洹水時,蘇由投降。曹操達到鄴城外,做土山、隧道。當時武安長尹楷屯毛城,通上黨糧道。四月,曹操留曹洪攻打鄴城,親身擊破尹楷。又擊破邯鄲的沮鵠。易陽令韓範、涉長梁岐皆舉縣投降。蒲月,曹操毀土山、隧道,作圍塹,決漳水灌城,城中餓死者過半。七月,袁尚率軍回救,依滏水(今滏陽河)為營,曹操進軍將其營寨包抄。袁尚驚駭,要求投降,曹操不準。袁尚乘夜逃竄,袁軍崩潰。袁尚逃奔中山(今河北定縣)。曹操命人拿著緝獲袁尚的印綬節鉞招降鄴城守軍,城中鬥誌崩潰。八月,審配的侄子審榮翻開東城門,曹操軍一舉攻破鄴城,擒殺審配。以後,曹操哭祭袁紹墓,慰勞袁紹老婆,將袁紹的家人和寶貝都還給了袁家,並賜給他們雜繒絮,扶養他們家。[] 從這一年起,曹操把本身的據點北遷到了冀州的鄴城,政令軍隊而後皆今後出,而許縣則隻留些許官吏。
十一月,曹操行至易水,代郡烏丸行單於普富盧、上郡烏丸行單於那樓率其部下名王來賀。
建安十四年(公元209年),周瑜攻取南郡,孫權借南郡予劉備,孫劉聯盟進一步獲得穩固。為防備孫權,曹操強迫內遷淮南的公眾,激發江淮十餘萬戶百姓惶恐,使其儘皆渡江歸附孫權。同時,為穩定內部,曹操命令“死者家無基業不能自存者,縣官勿絕廩,長吏存恤撫循”。同年還親臨合肥,設置了揚州郡縣的長吏,修治芍陂屯田。年底回到譙。[]
三月,曹操遣司隸校尉鐘繇討伐漢中(治南鄭,今陝西漢中東)張魯,並令夏侯淵等出兵河東,與鐘繇彙合。[] 西征漢中要顛末關中,關中諸侯馬超、韓遂、楊秋等十部心生疑懼,一時俱反。曹操當即派大將曹仁討伐他們,馬超等人屯據潼關,曹操對諸將說:“關西兵英勇刁悍,你們死守不得與他們交兵。”[