木葉忍者村俄然遭到九尾妖狐的攻擊，第四代火影捐軀生命將妖狐封印到當時還是嬰兒的鳴人身上。村人將鳴人當作妖狐的化身，對他冷眼相待，鳴報酬了獲得大師的認同而不竭在村裡搞惡作劇，以引發人們的重視。鳴人的目標是成為村莊裡最巨大的忍者“火影”，讓統統人認同他的存在。

木葉忍者村因為大蛇丸的詭計而遭到極大的毀傷，就在此時，已經叛離木葉的宇智波鼬俄然現身。鼬是佐助的哥哥，曾經將一族的人們全數殺光而分開村莊，此次他與霧忍者村的乾柿鬼鮫一同來到木葉，彷彿是以鳴人體內的九尾作為目標，並且是遭到名為“曉”的構造的號令。佐助得知鼬回到村莊，向鼬建議應戰，但卻遭到慘敗。而後，自來也為了尋覓新任火影的候補人選綱手，同時也為了幫忙鳴人修行，而和鳴人一起外出尋覓綱手的下落。

鳴人他們完成任務回到村莊，卡卡西保舉他們插手即將停止的中忍測驗。測驗會場中強手雲集，而在測驗過程中，鳴人他們遭到原屬木葉忍者村、已經叛離村莊的大蛇丸的進犯，佐助也被大蛇丸在身上留下了咒印。以後，鳴人和佐助順利通過預選賽，併爲即將到來的正式測驗作籌辦。鳴人獲得木葉三忍之一的自來也傳授忍術，而佐助則是遭到卡卡西的專門指導。但與此同時，大蛇丸正在公開裡醞釀著詭計，那就是結合砂忍者村一同攻擊木葉。

疾風傳

大蛇丸找到綱手，但願她能醫治本身的雙手，並提出能夠讓她再次見到她最正視的兩人的前提。綱手為此躊躇不決，這時鳴人和自來也找到了她。綱手對繼任火影一事心灰意冷，但她看到鳴報酬了成為火影的胡想而刻苦修行的模樣，也逐步竄改了設法。以後綱手回絕了大蛇丸的要求，昔日的三忍展開狠惡的戰役，鳴人也終究練成了自來也所傳授的螺旋丸，打敗了大蛇丸的侍從兜。最後大蛇丸被逼退，綱手跟從自來也和鳴人回到木葉，成為第五代火影。