佐助因為鳴人氣力的飛速生長而感到焦炙，這時大蛇丸的使者音忍四人眾前來講服他分開木葉前去音忍者村。佐助為了獲得更強大的力量以向鼬複仇，而分開了村莊去找大蛇丸。鳴人、鹿丸等人結成五人小隊前去追逐佐助，途中彆離與音忍四人眾以及隨後趕到的君麻呂展開戰役，期間獲得了砂忍者村救兵的助力，好不輕易纔將仇敵一一擊敗。鳴人追上了佐助，但佐助不籌算回到村莊，兩人使出渾身解數展開苦戰，最後鳴人還是功虧一簣，敗在佐助部下而冇能挽留佐助。以後鳴人回到村莊，籌算和自來也一同外出修行，以使本身變得更強。

在外修行了兩年半的鳴人返來了。但此時的“曉”也開端蠢蠢欲動，已經成為砂忍者村風影的我愛羅被“曉”成員迪達拉和蠍擄走。鳴人和卡卡西小組為了救出我愛羅而前去砂忍者村，並找出了“曉”的按照地，但我愛羅已經被抽離尾獸而滅亡。氣憤的鳴人不顧統統地追逐迪達拉，而小櫻和砂忍者村的千代婆婆聯手與蠍交兵，終究將蠍打倒。千代婆婆捐軀本身的生命，利用轉生忍術將我愛羅重生，鳴人他們回到木葉忍者村。

們遭到原屬木葉忍者村、已經叛離村莊的大蛇丸的進犯，佐助也被大蛇丸在身上留下了咒印。以後，鳴人和佐助順利通過預選賽，併爲即將到來的正式測驗作籌辦。鳴人獲得木葉三忍之一的自來也傳授忍術，而佐助則是遭到卡卡西的專門指導。但與此同時，大蛇丸正在公開裡醞釀著詭計，那就是結合砂忍者村一同攻擊木葉。

木葉忍者村因為大蛇丸的詭計而遭到極大的毀傷，就在此時，已經叛離木葉的宇智波鼬俄然現身。鼬是佐助的哥哥，曾經將一族的人們全數殺光而分開村莊，此次他與霧忍者村的乾柿鬼鮫一同來到木葉，彷彿是以鳴人體內的九尾作為目標，並且是遭到名為“曉”的構造的號令。佐助得知鼬回到村莊，向鼬建議應戰，但卻遭到慘敗。而後，自來也為了尋覓新任火影的候補人選綱手，同時也為了幫忙鳴人修行，而和鳴人一起外出尋覓綱手的下落。

鳴人他們完成任務回到村莊，卡卡西保舉他們插手即將停止的中忍測驗。測驗會場中強手雲集，而在測驗過程中，鳴人他們遭到原屬木葉忍者村、已經叛離村莊的大蛇丸的進犯，佐助也被大蛇丸在身上留下了咒印。以後，鳴人和佐助順利通過預選賽，併爲即將到來的正式測驗作籌辦。鳴人獲得木葉三忍之一的自來也傳授忍術，而佐助則是遭到卡卡西的專門指導。但與此同時，大蛇丸正在公開裡醞釀著詭計，那就是結合砂忍者村一同攻擊木葉。

卡卡西因為勞累過分而住院，暗部的大和代替卡卡西帶領卡卡西小組，新的成員佐井也插手了步隊。他們操縱從蠍那邊獲得的諜報，前去六合橋探聽有關佐助的動靜。但佐井實際上倒是奉下屬團藏的號令履行暗害佐助的極秘任務，本籌算履行任務的他在看到鳴人與佐助的拘束以後竄改了設法。鳴人等人終究在大蛇丸的按照地與佐助相逢，但佐助仍然不籌算轉意轉意，還是挑選和大蛇丸一起分開。而佐井則因為這一任務的契機成為了鳴人他們的火伴。

此時佐助以為本身已經獲得了超出大蛇丸的力量而俄然向大蛇丸發難，破解了他的轉生忍術，打倒了大蛇丸。佐助找到了大蛇丸本來的部下水月、香磷和重吾，四人構成名為“蛇”的小隊，為了尋覓鼬而展開行動。在此期間，佐助與“曉”的迪達拉遭受並交兵，迪達拉敗於佐助部下，為了證明本身的藝術而自爆，佐助卻躲在了萬蛇的體內而躲過一劫。迪達拉木葉忍者村俄然遭到九尾妖狐的攻擊，第四代火影捐軀生命將妖狐封印到當時還是嬰兒的鳴人身上。村人將鳴人當作妖狐的化身，對他冷眼相待，鳴報酬了獲得大師的認同而不竭在村裡搞惡作劇，以引發人們的重視。鳴人的目標是成為村莊裡最巨大的忍者“火影”，讓統統人認同他的存在。