1644年（清順治元年）農曆玄月，愛新覺羅·福臨在輔政大臣濟爾哈朗的護送下，從盛京（今遼寧瀋陽）到達北京，祖大壽跟從入關。

皇太極打錦州、寧遠不下，便竄改了計謀，於1629年（崇禎二年）農曆十月率十萬雄師從蒙古方向攻入長城，一向打到北都城下。當時，明朝軍隊主力都在山海關外布守，袁崇煥急率祖大壽馳援北都城，並在廣渠門外與皇太極展開苦戰。孤軍深切的皇太極怕袁崇煥與北都城表裡合擊，不得不撤兵而走，清人燒燬明朝的大量原始記錄，為神化本身編造謊言說臨走時佈下所謂反間計。崇禎天子將袁崇煥下獄問罪，祖大壽既寒心又氣憤，率部東走，崇禎天子無法之下讓袁崇煥寫信招回祖大壽，孫承宗也遣使安撫，請祖大壽建功贖袁崇煥之罪，祖大壽便又回到了關內。[8]

1631年（崇禎四年）農曆七月，祖大壽受命於大淩河築城保衛錦州，在他修了不到半個月，城牆雉堞還冇修完時，皇太極雄師便兵臨城下，將大淩河城包抄。祖大壽隻好封閉城門，倉促應戰。

1642年（明崇禎十五年，清崇德七年）農曆三月初，被圍困了整整一年的錦州糧絕援儘，城中殺人相食的慘狀再度重演。因而祖大壽在三月初八親率部眾開城出降。

因病歸天

崇禎天子三次下詔，命祖大壽進京覲見，祖大壽都藉端推讓，始終死守在錦州城裡。

城中糧草僅夠幾天之用，圍了不幾天城中就斷糧了。城中將士無不驚駭萬狀，祖大壽作過幾次摸乾脆的突圍，都被金兵殺了歸去。無法之下，隻好坐困愁城，盼著援兵。

祖大壽一回到錦州城就構造防備，抗擊清軍。遼東巡撫丘禾嘉向朝廷參奏祖大壽率隊獻城投降，崇禎天子不但冇有降罪，反而晉升祖大壽為左都督，領錦州。

梁啟超：“祖氏兄弟，大壽、大弼、大樂以督師裨將，遵其方略，猶能為睢陽之守著歲餘，非洪承疇之降，錦州固未易下也。”[15]

因而皇太極又親身寫信給祖大壽，他解釋說：“疇昔殺遼民確有其事，我深為悔怨，我們早就不那樣做了。至於永平屠城那是二貝勒阿敏所為，他是以也遭到了嚴懲，但願你不要存此成見。但祖大壽等還是不信。

不久，崇禎天子號令祖大壽與山西總兵馬世龍、山東總兵楊紹基會師，帶領副將祖大樂、祖可法、張弘謨、劉天祿、曹恭誠等打擊灤州，攻取灤州以後，進逼永平，貝勒阿敏等丟棄四周城池領兵返回後金。因而，祖大壽又回到錦州火線戍守。但祖大壽從不但成分開虎帳，恐怕叫東廠的間諜抓了去。[9]

1639年（明崇禎十二年，清崇德四年）農曆仲春，皇太極再次打擊明朝，以武英郡王阿濟格為前鋒，親身督軍包抄鬆山。明朝崇禎帝下召號令祖大壽前去援助鬆山，祖大壽方纔行軍，清軍就到了，因而祖大壽去寧遠駐守。

己巳之變

因而皇太極命多爾袞、濟爾哈朗等帶兵輪番攻錦州。1641年（明崇禎十四年，清崇德六年）農曆三月，皇太極再次出兵圍攻錦州。明薊遼總督洪承疇率吳三桂等八總兵領兵十三萬來援，駐紮在鬆山。皇太極親率軍隊堵截明軍糧道，明軍大亂。清軍順勢掩殺，總督洪承疇等被圍於鬆山。